Las elecciones municipales de fines del 93 ratificaron la mayoría del MNR. Lo más destacado fue el mal resultado para el MIR (9,3 %) y la ADN (11,4%), al punto que el jefe adenista Hugo Banzer renunció a la jefatura de su partido un mes antes del proceso electoral, previendo el resultado. Se pensó que sería el retiro definitivo de Banzer, pero los hechos políticos lo desmintieron. Por el contrario, en 1997 fue elegido Presidente Constitucional.
En junio de 1990 el empresario Jorge Lonsdale, una de las figuras más importantes y prestigiosas del sector privado boliviano, fue secuestrado por el grupo terrorista Comisión Néstor Paz Zamora (CNPZ), liderada por el italiano Miguel Northuster En noviembre el gobierno descubrió a los autores y el 5 de diciembre tomó por asalto la casa donde estaba el secuestrado. El saldo fue trágico, la muerte de Lonsdale y tres de los terroristas. El operativo fue calificado como un fracaso y se acusó al ministerio del Interior de violencia innecesaria y asesinato de los secuestradores. La falta de profesionalismo y el apresuramiento dejaron un saldo terrible y una sensación muy amarga en el país que vio con preocupación la posibilidad de una escalada violenta que finalmente no se produjo.
En 1991 apareció el grupo terrorista Ejército Guerrillero Tupac Katari (EGTK), en la línea del Grupo Zarate Wilka que fue destruido en 1989. Allí militaban dos personas que se convirtieron en figuras nacionales en la primera década del siglo XXI, Felipe Quispe que fundo el Movimiento Indígena Pachakuti (MIP) y Alvaro García Linera quien como parte del Movimiento al Socialismo (MAS), llegó a la vicepresidencia de la República. El EGTK protagonizó más de media docena de atentados terroristas con un saldo de algunos muertos, heridos y graves daños materiales, pero fue desmantelado, esta vez sin violencia. Sus principales cabecillas, Quispe y los hermanos García Linera y otros, fueron encarcelados, para salir unos años después, sin que su proceso hubiese concluido.
A pesar de las condiciones de extrema pobreza y marginalidad de varias zonas del país, las intentonas de violencia a través de grupos al estilo de Sendero Luminoso, no prosperaron. La receta no prendió en ninguna organización con posibilidades de éxito y demostró que el colchón de la Revolución de 1952 era todavía muy amplio para paliar estos estallidos.