Las elecciones municipales de fines del 93 ratificaron la mayoría del MNR. Lo más destacado fue el mal resultado para el MIR (9,3 %) y la ADN (11,4%), al punto que el jefe adenista Hugo Banzer renunció a la jefatura de su partido un mes antes del proceso electoral, previendo el resultado. Se pensó que sería el retiro definitivo de Banzer, pero los hechos políticos lo desmintieron. Por el contrario, en 1997 fue elegido Presidente Constitucional.
El escándalo político de mayor magnitud en este período fue el llamado “Narcovínculos”. La detención de Isaac “Oso” Chavarría y Carmelo “Meco” Domínguez, acusados de desarrollar actividades de narcotráfico, llevó al descubrimiento de papeles personales de Chavarría y acusaciones de Domínguez, que parecían involucrar al ex - Presidente Jaime Paz Zamora y otros dirigentes miristas, entre ellos Óscar Eid Franco. La acusación de la FELCN fue que el MIR recibió contribuciones de Chavarría para la campaña municipal de 1987 y que Óscar Eid pagó los gastos médicos a Chavarría internado en una clínica bajo nombre falso. Jaime Paz reconoció su amistad y vinculación con este último (estuvo varias veces en su casa), pero no aceptó relación ilícita alguna con el acusado. En marzo de 1994 en un dramático mensaje por TV Paz Zamora renunció para siempre a la política, pero unos meses después volvió con ímpetu y fue candidato a la presidencia en 1997. Como producto del escándalo Eid fue apresado y condenado a cuatro años de cárcel por encubrimiento a un narcotraficante. Enl995 Chavarría murió en la cárcel sin sentencia que probara su actividad ilícita. En enero de 1996 el gobierno de Estados Unidos le retiró su visa de ingreso a Jaime Paz Zamora y a su más estrecho colaborador Carlos Saavedra, ex-ministro del Interior de su gobierno (Estados Unidos les restituyó luego la visa), igual que a otros cinco militantes del MIR. También fue arrestado y extraditado a EE.UU. Faustino Rico Toro ex - jefe de la FELCN en el gobierno de Paz Zamora. En 1996 cumplió su condena y volvió a Bolivia.
Bolivia suscribió con Estados Unidos un nuevo tratado de extradición con el objetivo fundamental de incluir los delitos de narcotráfico como parte esencial de éste, lo que estableció un mecanismo adicional de presión política le los norteamericanos sobre el país.
En la lucha por la erradicación de la coca, Bolivia cumplió su compromiso de erradicar hectáreas de coca (como ejemplo, en 1995 se erradicaron 5.492 ha.), pero el resultado no redujo prácticamente en nada la superficie de coca excedente en el Chapare. EE.UU. usó la amenaza de la arbitraria descertificación (corte de la ayuda bilateral) para presionar a Bolivia y otras naciones del área a cumplir estos compromisos. El gobierno enfrentó una opinión pública adversa y una fuerte influencia sobre ella de los productores de coca, liderizados por Evo Morales, que protagonizaron marchas sobre La Paz que degeneraron en violencia y una situación de permanente tensión en la región del Chapare con un saldo de muertos y heridos (tanto campesinos productores como policías de UMOPAR.
En 1995 estalló el caso “narcoavión”. Un viejo carguero DC6-B boliviano fue interceptado en Lima llevando 4,1 toneladas de cocaína, el alijo más grande de droga incautado en nuestra historia. El responsable fue el narcotraficante Amado Pacheco “barbaschocas” que operaba con la mafia mexicana, condenado a 13 años le cárcel. Inexplicablemente el avión no fue detenido en La Paz. Ineficiencia y algo más de la FELCN y de la DEA norteamericana, provocaron una crisis, la destitución de autoridades de la FELCN y una mancha de supuesta protección desde el ministerio de Gobierno a cargo de Carlos Sánchez Berzaín.