Las elecciones municipales de fines del 93 ratificaron la mayoría del MNR. Lo más destacado fue el mal resultado para el MIR (9,3 %) y la ADN (11,4%), al punto que el jefe adenista Hugo Banzer renunció a la jefatura de su partido un mes antes del proceso electoral, previendo el resultado. Se pensó que sería el retiro definitivo de Banzer, pero los hechos políticos lo desmintieron. Por el contrario, en 1997 fue elegido Presidente Constitucional.
El 5 de Septiembre de 1986 fue asesinado en la serranía de Caparuch (Santa Cruz), en una fábrica de cocaína conocida como “Huanchaca”, el científico Noel Kempff Mercado. El crimen estremeció a la opinión pública y puso en el tapete el tema del narcotráfico, generando un cambio de actitud general. Las operaciones de rescate de las víctimas e intervención de la fábrica fueron cuestión idas por su lentitud y surgió la acusación de que el ministro del Interior Fernando Barthelemy protegió de alguna manera la salida de los asesinos y operadores de la fábrica. Como consecuencia de este hecho se mencionó insistentemente, por ejemplo, que el verdadero colchón de la estabilización fue la economía del narcotráfico, inyectando dólares al mercado. La consecuencia positiva fue el impacto sobre la opinión pública cruceña que cambió su actitud permisiva inmediatamente anterior, con el narcotráfico y con los narcotraficantes que eran aceptados sin limitaciones en la sociedad, por otra de franco repudio y censura social. En pocos años Santa Cruz dejó de ser un centro de producción significativo.
Las relaciones con Estados Unidos, como ya dijimos, estuvieron condicionadas al tema y la presión de Washington obligó al gobierno a aceptar la presencia, durante tres meses, de 160 soldados estadounidenses en el departamento del Beni en operaciones contra el narcotráfico, que bajaron sólo temporalmente el precio de la coca. El gobierno planteó entonces la necesidad de una política de desarrollo alternativo que hiciera énfasis en la transformación económica de las regiones productoras, en vez de ocuparse exclusivamente de la represión. La presentación de esta propuesta cambió la posición boliviana, permitiendo una acción menos subordinada y más beneficiosa para los sectores de producción ilegal (Chapare). El concepto de desarrollo alternativo, con sus virtudes y defectos, permitió un avance importante de la región cocalera que recibió electrificación, construcción de caminos e inversión para la producción agropecuaria. Pero la contraparte cobró la factura. El congreso aprobó la llamada ley 1008, específicamente destinada a los temas de producción de coca, narcotráfico y consumo de drogas. La ley era el instrumento más duro que se haya aprobado para el combate contra las drogas, tanto que en algunos aspectos pasaba por encima de la constitución de país con tribunales especiales y fiscales de narcóticos casi omnipotentes. Aunque en contrapartida incorporaba el concepto de desarrollo alternativo y reconocía áreas de producción de coca legal para el consumo tradicional.
En 1988 se desató un escándalo al conocer el congreso unos videos que mostraban a dos altos dirigentes de ADN (Alfredo Arce y el Gral. Mario Vargas) en conversaciones secretas con Roberto Suárez, narcotraficante de gran poder condenado a quince años de cárcel, que fue detenido y encarcelado poco después de conocerse los videos. La defenestración de los dirigentes adenistas trajo consigo una respuesta de ADN. El senador de ese partido, Juan Luzio, presentó unas fotografías de Jaime Paz con Isaac Chavarría acusado de narcotráfico. Años después, ese episodio abriría uno de los escándalos mis graves sobre la relación entre el narcotráfico y los políticos bolivianos.