Las elecciones municipales de fines del 93 ratificaron la mayoría del MNR. Lo más destacado fue el mal resultado para el MIR (9,3 %) y la ADN (11,4%), al punto que el jefe adenista Hugo Banzer renunció a la jefatura de su partido un mes antes del proceso electoral, previendo el resultado. Se pensó que sería el retiro definitivo de Banzer, pero los hechos políticos lo desmintieron. Por el contrario, en 1997 fue elegido Presidente Constitucional.
La política de desarrollo alternativo continuó en esta gestión con el denominativo de “Coca por desarrollo”, que valorizaba la hoja de coca (“Coca no es cocaína”) y buscaba diferenciarla del tráfico ilegal, tesis defendida por el primer mandatario. Paz Zamora se reunió dos veces (Cartagena I y II) con el Presidente Bush y sus colegas de Perú, Colombia y México; en ambas se mantuvo un énfasis en la represión pero se reconoció la necesidad del desarrollo alternativo. Del encuentro Bush-Paz Zamora salió el Anexo III sobre la necesidad de militarizar la lucha contra el narcotráfico, que fue ocultado al país. Cuando se conoció desató una fuerte crítica y oposición y no se aplicó en su gestión.
En Diciembre de 1989, de forma irregular, el Presidente decidió enviar a Estados Unidos a Luis Arce Gómez, ex-ministro del interior de García Meza, acusado por ese país de haber traficado drogas, Arce fue juzgado y condenado allí a 30 años de cárcel por narcotráfico. Este hecho desató una polémica sobre la extradición. Bolivia no aceptó firmar un nuevo tratado de extradición, pero la corte suprema extraditó oficialmente en 1992 a Asunta Roca Suárez, hermana del narcotraficante “Techo de Paja”, condenado y convicto en los EE.UU.
Por iniciativa del ministro del interior Carlos Saavedra, se ofreció un trato benevolente a quienes se entregaran voluntariamente a la justicia. Siete capos del narcotráfico se entregaron y recibieron condenas de entre 4 y 6 años, a pesar de la gravedad de sus delitos.
En abril de 1991, el nombramiento de Faustino Rico Toro, ex-colaborador de García Meza, como jefe de la Fuerza Especial de Lucha contra el Narcotráfico (FELCN) desató una tormenta política. El embajador de los EE.UU. Robert Gelbard obligó al Presidente a destituir a Rico Toro y provocó la renuncia del comando de la policía y del ministro del Interior Guillermo Capobianco, acusando a éste de vinculaciones con traficantes. Más allá de la valoración de la veracidad de las acusaciones, esos hechos demostraron la debilidad real de Bolivia en nuestras relaciones con la potencia del norte.