El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
El entrabamiento sistemático a la gestión gubernamental por parte del Congreso, el enfrentamiento entre el Presidente y los legisladores, la presión de sectores radicales de izquierda y derecha con la cuestión de la nacionalización de los hidrocarburos y las autonomías como banderas, colocaron al gobierno en un punto de extrema dificultad que estalló cuando Evo Morales, que había mantenido una posición ambigua de apoyo en bajo perfil y crítica dura según el caso, decidió lanzarse a la oposición abierta. En marzo de 2005 convocó a un bloqueo nacional de caminos, que respaldaron los líderes radicales y la Federación de Juntas vecinales de El Alto. Mesa Gisbert reaccionó el 6 de marzo con un discurso muy duro contra Morales y el dirigente alteño Mamani que cerró presentando su renuncia al Congreso. Esta decisión galvanizó al país que lo respaldó masivamente (la empresa Apoyo Opinión y Mercado, midió el respaldo presidencial ese mes de marzo de 2005, a un año y medio de gobierno, éste era de 86 % en La Paz, 78 % en El Alto, 85 % en Cochabamba y 44 % en Santa Cruz). El Congreso rechazó la renuncia. En ese contexto, el Presidente desperdició la oportunidad de imponer su proyecto de ley de hidrocarburos y prefirió una absurda negociación sobre la ley que reposicionó al legislativo. A los pocos días, tras el fracaso de la negociación y el nuevo rechazó a elementos clave de su proyecto de ley, el Presidente pidió al Congreso el acortamiento de su mandato y a convocatoria a elecciones. Los parlamentarios rechazaron el pedido. Con esta última decisión el mandatario desconcertó y desencantó a la mayoría del país que lo había apoyado expresándose en la plaza Murillo en una de las mayores manifestaciones de respaldo popular en tiempos de democracia. Mesa Gisbert tampoco entendió que una postura prudente frente a las petroleras debilitaba la credibilidad del referéndum y de su política nacionalista, que remató al negarse a vetar ni promulgar la nueva ley. Su suerte estaba echada. A partir de la promulgación de la ley se desató la campaña contra el Congreso y el gobierno en las calles. En tres semanas la situación se hizo imposible. La plaza principal cercada, manifestaciones violentas que buscaban sangre bloqueo total en El Alto. Se intentó repetir el escenario de octubre de 2003, pero esta vez la consigna no era la renuncia del Presidente, se pedía la nacionalización inmediata de los hidrocarburos, a pesar del referéndum y la nueva ley que de hecho habían ejecutado una nacionalización. La fórmula de estrangular la sede de gobierno funcionó. El Presidente se negó en redondo a reprimir y a cerrar el Congreso, contra el que se estrellaba la ira callejera. A pesar del riesgo no dejo un solo día de trabajar en el palacio de gobierno. La policía en acción sacrificada y ejemplar controlo las calles sin derramamiento de sangre, demostrando que en octubre de 2003 el anterior gobierno había reaccionado de manera inaceptable.
A lo largo de los últimos meses de su gobierno, fue objeto de una campaña desestabilizadora desde medios de comunicación manejadas por la derecha empresarial, los medios más virulentos fueron Unitel, Uno, Megavision, y los periódicos El Mundo, El Nuevo Día y en los últimos días de su gestión, La Razón.
Finalmente, el 6 de junio Mesa Gisbert, convencido de que su permanencia en el mando lo obligaba al restablecimiento violento del orden, renunció voluntariamente a la presidencia de la República. El 7 pidió en un mensaje al país que el presidente de la Corte Suprema asumiera la presidencia y pidió también la renuncia a la sucesión constitución al de los presidentes de ambas cámaras, seguro de que el grado de impopularidad de H. Vaca Diez, conspicuo representante del viejo y repudiado sistema, podría llevar al país a un grave enfrentamiento. Su decisión, igual que en octubre de 2003, garantizó la paz y permitió a su sucesor en tránsito razonable hacia un nuevo periodo democrático que respondiera a la voluntad popular.
El día 9 por decisión de Vaca Diez, el legislativo fue convocado en Sucre para considerar la renuncia presidencial. Marchas de campesinos y mineros promovidas por diversas organizaciones y especialmente el MAS, rodearon la ciudad. El gobierno envió sus tropas policiales de élite y al comandante de la policía, que controlaron el orden con solvencia. El Presidente ordenó a las FEAA. desplegarse en las carreteras con el único objetivo de evitar violencia. Un acontecimiento empañó esa tarea casi impecable, la muerte del minero Carlos Coro, víctima de una bala de origen desconocido, que murió dentro de un bus con mineros que se dirigía a Sucre. El Congreso finalmente sesionó en la Casa de la Libertad en horas de la noche. Vaca Diez muy a su pesar, entendió el repudio a su figura y renunció a su derecho de sucesión igual que Mario Cossío, pero ambos “olvidaron” renunciar al cargo de presidentes del Senado y Diputados, que eran los que les daban ese derecho sucesorio, lo que empañó innecesariamente el juramento de Eduardo Rodríguez como Presidente constitucional de Bolivia.