El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
El 9 de febrero el Presidente hizo conocer un proyecto de ley de impuestos que establecía el congelamiento de salarios y un incremente de un 12,5 % de impuestos que afectaba al 20 % de los contribuyentes de acuerdo a su nivel salarial (solo un 5 % de la población económicamente activa), basado en la realidad de un país que no cubría sus gastos con ingresos propios, un universo tributario reducido y la inexistencia de impuesto a la renta de personas. Argumentó que así evitaba un incremento del precio de los hidrocarburos que era mucho más duro para los bolivianos más pobres.
La medida fue aprovechada por un sector de la policía que el 11 de febrero se amotinó (igual que en 2000, en pleno estado de sitio) con la coartada de reivindicaciones salariales y logísticas internas, que tuvo su foco de sedición en el cuartel del Grupo Especial de Seguridad ubicado a media cuadra de la Plaza Murillo. El cabecilla del motín fue otra vez el mayor David Vargas, quien tomó parte de la plaza. En la mañana del 12 una manifestación del sector trotskista del magisterio culminó en una marcha de estudiantes del colegio Ayacucho que entraron a la plaza, inexplicablemente desprotegida y apedrearon la fachada del Palacio de gobierno con piedras que llevaban en sus mochilas. La guardia de Palacio respondió con gases lacrimógenos para dispersar a los estudiantes. Este hecho dio inició a una respuesta de los policías amotinados que a su vez dispararon sus gases contra Palacio. Tras inútiles intentos de parlamentar para lograr un statu quo mientras se negociaba, se desató un enfrentamiento abierto con uso nutrido de armas de fuego entre los amotinados reforzados por efectivos de otras unidades policiales y la guardia presidencial de los Colorados reforzadas por policía militar. El saldo del día fue de 9 policías, 4 militares y 3 civiles muertos. El Presidente, el Vicepresidente y varios ministros tuvieron que abandonar Palacio ante la posibilidad de la toma del edificio. Durante todo el 12 la ciudad, con una policía que se negó a patrullar las calles y un ejército que retrasó su presencia urbana varias horas, quedó a merced del vandalismo. Grupos organizados incendiaron el ministerio de Trabajo, el de Desarrollo Sostenible, el Tribunal Militar y las sedes del MNR y el MIR. El hecho más dramático fue el intento de toma e incendio del edificio de la Vicepresidencia que sufrió pérdida total en un par de salones. El equipo de seguridad del Vicepresidente y un heroico grupo de estudiantes de historia de la UMSA salvó la Biblioteca y Archivo del Congreso de un incendió que pudo haber destruido una parte esencial de la memoria histórica del país. Hechos similares aunque menores se vivieron en Oruro y Santa Cruz.
El 13 continuó la violencia en La Paz y El Alto. La intervención de las FF.AA. para controlar el orden dejó un saldo de otros 11 muertos y más de medio centenar de heridos, algunos de extrema gravedad. Gran parte de la responsabilidad de esta tragedia que enfrentó en pleno centro del poder político al ejército y a la policía, debe imputarse sin duda al destacamento de la policía y sus cabecillas, que vulneraron la Constitución e incumpliendo su mandato esencial buscaron alterar el orden legalmente constituido. La reacción del ejército, particularmente el día 13, fue desmesurada y condujo ulteriormente a la apertura de juicios ordinarios contra oficiales de la institución. El saldo trágico de treinta vidas dejó constancia de una crisis estatal dramática.
El Presidente afirmó que algunos de los disparos contra el Palacio buscaban su asesinato. Una ventana blindada del despacho presidencial registró un tiro cuyo destino era el respaldo del sillón de trabajo del mandatario.
Como producto de esta situación se produjo una crisis de gabinete, se redujo el número de ministros de 18 a 13 y se modificó la Ley del poder ejecutivo. Bolivia pidió una investigación del caso a la OEA, que emitió un informe que eximía de responsabilidades al gobierno en tan grave episodio.