El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
En los primeros días de julio de 2001, el hospital W. Reed de Washington donde se hallaba internado el Presidente, confirmó que sufría un tumor canceroso en el pulmón. Luego se supo que entre el 2 y 3 de julio el mandatario estuvo a punto de morir tras una intervención de emergencia. El 28 de julio anunció desde Estados Unidos que renunciaría al cargo. Los médicos le habían diagnosticado una enfermedad terminal que ya había tomado el hígado. El 6 de agosto de 2001 en la Casa de la Libertad de Sucre dio su último mensaje en el que no expresó arrepentimiento alguno por la violación a los derechos humanos en su primera presidencia y renunció, entregando la presidencia al Vicepresidente Jorge Quiroga quien terminó su mandato. Retirado en Santa Cruz, afrontó los últimos días de su enfermedad hasta su muerte el 5 de mayo de 2002.
Una encuesta realizada en la última semana de julio daba un nivel de aprobación del presidente Banzer del 18% y un nivel de desaprobación del 79%.
El general que ya como presidente constitucional tenía el síndrome del dictador, tenía la sombra de la operación cóndor, fue casi testigo de un momento de crisis de la democracia boliviana, en abril del 2000, la guerra del agua, en septiembre y octubre del mismo año el bloqueo total de caminos que paraliza a la nación y la imposibilidad de responder a los hechos.
La lucha exitosa de erradicación de coca que costo muchas vidas de compatriotas fue el inicio de una espiral de violencia que se convirtió en un peligroso virus para la democracia y la sociedad boliviana. Hugo Banzer renuncio a la presidencia el 7 de agosto del año 2001,
Banzer dejo un conjunto de ciudadanos que nunca le perdonarían su férrea dura, implacable dictadura y otro conjunto que reconocían en él a uno de los constructores de la democracia a pesar de la crisis que se había establecido en Bolivia.