El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
Uno de los mayores esfuerzos de la democracia boliviana a lo largo de los años fue la profundización de la institucionalidad. Un paso en esa dirección fue la creación de nuevas instituciones a partir de las reformas constitucionales de 1994. El gobierno de Banzer puso en marcha este mecanismo a través de la elección vía parlamento de los miembros del Tribunal Constitucional, Consejo de la Judicatura y Defensoría del Pueblo. Renovó también la Corte Suprema con el nombramiento de siete magistrados. Estas nuevas instancias fueron fundamentales para mejorar el poder judicial, seriamente cuestionado durante todo el periodo democrático. La idea era un camino hacia la despolitización del poder judicial y una mayor y genuina independencia con relación al poder ejecutivo. Aunque de hecho, lo partidos grandes mantuvieron un control sobre el poder judicial, mediante acuerdos parlamentarios para lograr los dos tercios requeridos. Otro aporte importante fue la reforma del código de procedimiento penal que dio un salto decisivo dando fin al sistema escrito y dando comienzo a la oralidad de los juicios, además de la inclusión de los jueces ciudadanos, lo que permitió juicios expeditos y la aceleración de administración de justicia en este ámbito.
El gobierno asumió la responsabilidad y avanzó en el camino de mejorar una entidad tan cuestionada como la aduana, comenzando su institucionalización a través de una nueva ley que buscaba cerrar los caminos de la corrupción, con la creación de un directorio y un director autónomos, nombrados directamente por el congreso.