El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
Un conjunto de circunstancias muy particulares llevaron de manera inesperada a Eduardo Rodríguez a la primera magistratura del país. Nunca antes el mecanismo de sucesión constitucional había llegado hasta el Presidente de la Corte Suprema. En esta oportunidad, la inviabilidad de los presidentes del Congreso, Hormando Yaca Diez del MIR y Mario Cossío del MNR, (primero y segundo en la sucesión), representantes de los partidos aliados más importantes en el segundo gobierno de Sánchez de Lozada, generaren una reacción popular contraria a la posibilidad del ascenso de cualquiera de los dos al manco de la nación tras la renuncia de Mesa Gisbert. El propio Presidente saliente había pedido que se entregase el mando al Presidente de la Corte. De ese modo, Eduardo Rodríguez juró al cargo el 9 de junio de 2005 en la capital de la República. Como por arte de magia las manifestaciones que pedían de modo intransigente y violento la nacionalización inmediata de los hidrocarburos, se olvidaron totalmente de la demanda. En menos de dos días la normalidad volvió al país.
Por mandato constitucional en un caso como este (art. 93, inc. III), el Presidente estaba obligado a convocar a una nueva elección presidencial, cosa que hizo ampliando los comicios para la renovación del poder legislativo. El acuerdo político entre el parlamento y el poder ejecutivo hizo posible este proceso sin mayores dificultades.
Dado el breve término de su mándate, Rodríguez que no tenía ni experiencia ni militancia política, se rodeó de un gabinete de independientes, cuya tarea no fue otra que continuar los programas de gobierno que se habían diseñado y se venían ejecutando en la gestión anterior. En lo político el mandatario prefirió una relación fluida con el Congreso y se avino a la influencia de éste en el ejecutivo.
Igual que en el primer semestre del año, la política macroeconómica se mantuvo inalterable, lo que permitió un resultado muy positivo en la gestión 2005, en virtud de un manejo responsable y una situación internacional bonancible, con todos los indicadores en alza. Se logró exportaciones próximas a los 3.000 millones de dólares, un déficit fiscal de menos del 2,5 % del PIB, el cumplimiento del programa de inversión pública y un incremento de las reservas netas del Banco Central. El gobierno continuó con la política de saneamiento de tierras con la firma de casi 7.000 títulos agrarios.
Pero sin duda, la tarea más importante del ejecutivo fue posibilitar los acuerdos políticos que viabilizaran el proceso electoral. Eso demandaba la redistribución de diputados de acuerdo al censo de 2001, tema muy sensible para los departamentos de menor población. Tras arduas discusiones se llegó a un consenso: La Paz pasó de 31 a 29 diputados, Santa Cruz de 22 a 25, Cochabamba de 18 a 19, Potosí de 15 a 14, Chuquisaca mantuvo 11, Oruro pasó de 10 a 9, Tarija mantuvo 9, Beni mantuvo 9 y Pando mantuvo 5. También se incrementó el número de circunscripciones uninominales de 68 a 70 y se ratificó la convocatoria a elección de prefectos hecha por Mesa Gisbert. Se debatió y aprobó la realización de elecciones para asambleístas constituyentes y para un referéndum nacional sobre las autonomías para julio de 2006, aunque la ley de convocatoria quedó pendiente.
En el ámbito de la justicia, implemento la justicia de paz para aliviar las tareas del poder judicial, atorado por miles de juicios que a partir de esta decisión comenzaron a resolverse ex-trajudicialmente.