El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
Uno de los factores que dificultaron más la gestión de este gobierno, fue la incomprensible actitud del Tribunal Constitucional, con una serie de fallos cuestionables y un comunicado, que colocaron varias veces al gobierno en serias crisis. En mayo de 2004 el Tribunal Constitucional (TC) desconoció un fallo del tribunal militar que absolvió a oficiales que participaron en los hechos de “febrero negro” y estableció que debían ser juzgados en tribunales ordinarios. Medio centenar de generales y coroneles de las FFAA. se presentaron en traje de campaña en palacio de gobierno para exigir al Presidente una toma de posición sobre el tema. Mesa Gisbert resolvió la crisis comprometiendo una acción común con las FFAA. en el marco del respeto a la Constitución y desarrolló junto al Alto Mando una estrategia de reconocimiento al fallo del tribunal militar. Fue un momento crítico para la estabilidad democrática. La actitud del gobierno fue siempre de respeto institucional del Presidente a FFAA. y Policía que marcó una excelente relación del gobierno con ambas.
El 31 de julio de 2004, el Presidente por la potestad que le daba la ley en pleno receso parlamentario nombró con carácter interino a seis magistrados de la Corte Suprema, dos miembros del Consejo de la Judicatura y nueve fiscales, incluido el Fiscal General. Resolvió así dos problemas. Llenó las vacancias que habían dejado al poder judicial al borde del colapso, ante la imposibilidad del Congreso de nombrar en más de tres años los cargos requeridos. Garantizó la independencia del poder judicial, controlado por los partidos en tensión de gobierno en convivencia con la oposición, práctica común en el periodo democrático. Pero, el 11 de noviembre de ese año el TC falló en contra de esos nombramientos, negando la existencia documentada del receso parlamentario que los legitimaba. Rechazó el pedido de reconsideración del Presidente, lo que permitió que muy sugestivamente que MNR, MIR, NFR y MAS lograran acuerdos que no habían sido posibles en dos años y medio, cuoteando el poder judicial, como se apreció en las actuaciones del Fiscal Gareca en el gobierno de Morales.
Finalmente en abril de 2005 el TC hizo conocer un “comunicado público” (no una sentencia), que recordaba que para ser válidos, los contratos debían cumplir el art. 59-5° de la Constitución que determina que todo contrato que comprometa la explotación de recursos naturales debe ser aprobado por el Congreso. Ningún contrato petrolero había cumplido esa prescripción. Inmediatamente, Mesa Gisbert envió al Congreso todos los contratos desde la aprobación de la capitalización, para que éste los aprobara o rechazara, cosa que el Congreso no hizo. El 14 de abril, el MAS presentó una acusación contra Sánchez de Lozada, Quiroga y el Presidente por daño económico al estado y otros delitos conexos, amparándose en el “comunicado” del TC.