El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
La olla de presión de una sociedad que comenzó a reconocerse a si misma después de los profundos cambios de 1952, expresó en las tensiones sociales, muchas veces irracionales, una realidad de desigualdad, inequidad y exclusión que planteaba desafíos distintos a los que vivió Bolivia en la primera mitad del siglo XX. Nuevos actores y fuerzas con una lógica cultural, étnica y reivindicacionista distinta, en el contexto de movimientos sociales emergentes diversos y atomizados, marcaron este momento de la confrontación estado-sociedad en medio de una violencia preocupante.
En abril de 2000 estalló un grave conflicto en Cochabamba, a raíz del contrato de concesión de provisión de agua a la ciudad otorgado a la empresa Aguas del Tunari (un consorcio entre bolivianos y una empresa extranjera) y el alza de tarifas y los problemas en la construcción del túnel del proyecto Misicuni, generaron un movimiento popular dirigido por un grupo cívico denominado Coordinadora del Agua que exigió la rescisión del contrato. Paralelamente, la CSUTCB organizó bloqueos de caminos en varios puntos del país El gobierno decretó el estado de sitio. La policía liderada por el mayor David Vargas se amotinó en La Paz pidiendo mejores salarios, lo que debilitó seriamente al gobierno. La presencia militar para restablecer el orden, dejó como saldo varias muertes y más de medio centenar de heridos.
Pero lo peor vendría en septiembre cuando los campesinos en La Paz y los productores de coca en el Chapare, protagonizaron violentos bloqueos de caminos que paralizaron durante tres semanas el eje troncal del país, estrangulando las principales ciudades, produciendo desabastecimiento y gigantescas pérdidas económicas al aparato exportador. Los cocaleros pedían que se detuviese la erradicación de coca, objetivo que no lograron. En el altiplano surgió la figura de Felipe Quispe, Secretario Ejecutivo de la CSUTCB, que obligó al gobierno a negociar un pliego muy duro que fue aceptado prácticamente en su totalidad. En estos días murió una veintena de personas y resultaron heridas más de un centenar. Fue el peor momento de todo el gobierno de Banzer, que superó a duras penas una crisis que marcó el final de cualquier posibilidad de revertir la situación económica y social general.