El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
El 20 de abril de 2004 en ocasión de conmemorarse 10 años de la Participación Popular, Mesa Gisbert propuso en su mensaje a la nación la creación de gobiernos departamentales autónomos y la elección directa de prefectos y consejeros departamentales. Por primera vez un Presidente abogaba por la creación de gobiernos departamentales autónomos. El gobierno aprobó un decreto que profundizaba la descentralización de gestión y de servicios, en particular salud, educación y caminos. El decreto fue resistido por maestros y trabajadores en salud, y a pesar del pedido del ejecutivo, los comités cívicos de Santa Cruz y Tarija se negaron a respaldar esa iniciativa que obligó a las autoridades a dar marcha atrás.
El 28 de diciembre de 2004 el gobierno decretó el alza del diesel en un 23 %, la gasolina en un 10 % y mantuvo congelado el precio del gas licuado. La razón para esta decisión fue el alza internacional de los precios del petróleo. Entre octubre de 2003 y diciembre de 2004 el precio se había incrementado de 30,35 $us. el barril a 43,26. La subvención estatal al diesel representaba casi 100 millones de $us. al año, por eso se hizo un incremento significativo del diesel, que respondiera al hecho de que el país era deficitario en este producto. Fue el detonante de una crisis que hirió de muerte al gobierno. La estrategia desestabilizadora de sectores radicales del empresariado cruceño que usaba sus medios de comunicación más poderosos, la actitud de los cívicos y la acción del MNR de Sánchez de Lozada, levantó la bandera de la lucha contra el “dieselazo” para fortalecer la demanda autonómica, paralizar Santa Cruz y amenazar al gobierno con la elección directa de un gobernador en un cabildo abierto. Las FF.AA. advirtieron a Mesa Gisbert que en ese caso intervendrían para evitarlo. El Presidente negoció una salida pacífica a la crisis, llegando a instruir que se retirase de la prefectura y edificios públicos de Santa Cruz todo resguardo policial para evitar provocaciones y enfrentamientos. Evitó así situaciones que pudieron hacer estallar el polvorín preparado por los desestabilizadores. El 28 de enero, se reunió una gigantesca concentración cabildo al pie del Cristo en Santa Cruz exigiendo autonomía. El gobierno retrocedió en el alza del diesel, nivelándolo con la gasolina. El 11 de febrero el gobierno convocó a un referéndum sobre autonomías, ratificado por el congreso el 19 de mayo y el 8 de abril convocó a la elección directa de prefectos. Ambos procesos se concretaron en los gobiernos de Rodríguez y de Morales.