El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
El tema crucial de este gobierno fue la nueva política de hidrocarburos. Su objetivo era la recuperación de una visión nacionalizadora con dos objetivos, un referéndum popular y una nueva ley.
El Congreso bloqueó desde el principio esta iniciativa, lo que obligó al Presidente a convocar al referéndum por decreto el 13 de abril de 2004. A pesar de la oposición militante de las empresas petroleras, los sectores empresariales, el Congreso y la izquierda radical, la campaña oficial forzó al legislativo a ratificar el decreto mediante ley de 6 de julio (apenas 12 días antes del referéndum). Las cinco preguntas, reflejaban la orientación ideológica gubernamental. La primera proponía la abrogación de la ley de Sánchez de Lozada; la segunda planteaba la recuperación de la propiedad de los hidrocarburos en boca de pozo para el estado; la tercera, la refundación de YPFB pasándole la propiedad de las acciones de los bolivianos en las petroleras capitalizadas; la cuarta, el uso del gas como recurso estratégico para lograr una salida soberana al mar; la quinta, la aprobación de la exportación del gas, previo consumo local, su industrialización y un incremento de impuestos y regalías a las petroleras hasta un 50 %. El resultado del referéndum realizado el 18 de julio de 2004 fue: Pregunta 1: el SI obtuvo el 91 %; pregunta 2: el SI obtuvo el 95 %; pregunta 3: el SI obtuvo el 92 %; pregunta 4: el SI obtuvo el 56 %; pregunta 5: el SI obtuvo el 61 %. El contundente triunfo en las cinco preguntas, marcó un giro histórico en la política energética y en consecuencia en la política global del país. Comenzaba así una recuperación del papel protagónico del estado y una nueva idea de su responsabilidad social que la visión liberal abierta en 1985 había reducido. Fue el referéndum convocado por Carlos D. Mesa Gisbert el que permitió el decreto de nacionalización de Evo Morales en 2006.
El gobierno presentó su proyecto de ley de hidrocarburos, respetando el mandato del Referéndum. Esto generó una confrontación con el Congreso que rechazó el proyecto gubernamental y debatió y aprobó el proyecto presentado por el MAS.
El 6 de mayo de 2005 el Congreso sancionó (aprobó) la nueva ley de hidrocarburos por 60 votos, contra 47,3 abstenciones y 20 ausencias. Curiosamente, de los 29 parlamentarios que le quedanban al MNR, 17 votaron por la aprobación a pesar de ser el partido que impulsó la ley de Sánchez de Lozada en 1996. Lo mismo hizo ADN de Quiroga, sus parlamentarios votaron por la aprobación. El MAS en cambio, que había redactado y promovido la ley que se sancionó, decidió votar por el rechazo a su propia ley. Las bancadas de Santa Cruz y Tarija que a lo largo de loe debates se habían opuesto a la nueva ley, no fueron consecuentes; 12 de 22 representantes crúcenos votaron por la aprobación y 8 de 9 tarijeños votaron también por la aprobación. Este era el grado de politización irresponsable con que manejaron el tema los parlamentarios, votando por consignas y por intereses de coyuntura más que por los intereses del país. El Presidente explicó en un mensaje que no promulgaría ni vetaría la ley. No la vetó porque coincidía en su espíritu con la línea del gobierno, no la promulgó porque la consideraba contradictoria, técnicamente deficiente porque su proyecto de ley había sido rechazado de inicio por el Congreso. El 17 de mayo el presidente del Congreso promulgó la ley, cuyo contenido reflejaba el mandato del referéndum, reconociendo la propiedad boliviana de los hidrocarburos en boca de pozo, la adecuación obligatoria de las empresas a la nueva ley, la refundación de YPFB con las acciones de los fondos de capitalización colectiva de las empresas petroleras capitalizadas, un nivel impositivo del 50 % como promedio a las empresas petroleras. Control de firma de contratos, exportación y fijación de precios en manos del estado.
Como parte de una expansión de mercados, Bolivia firmó un acuerdo de venta de gas a la Argentina que ampliaba el volumen exportado de 2 a 8 millones de mts cúbicos, a pesar de la oposición del MAS, e inició negociaciones para la o instrucción del gasoducto del noreste en ese país, que permitiría una ampliación de venta a 27 Millones de mts cúbicos.