El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
En un afán de demostrar buena voluntad con el legislativo, el Primer Mandatario aceptó la imposición del presidente del Senado de desplazar al comandante del ejército César López rompiendo la institucionalidad y le negó a esa fuerza, como correspondía, el Comando en Jefe de las FF.AA. En cambio, nombró comandante de ejército a Marcelo Antezana, fuertemente ligado al MNR, que había sido reiteradamente acusado de vínculos con quienes desestabilizaron al gobierno de Mesa Gisbert. Antezana tuvo mucho que ver con el problema de los misiles.
Por presión del gobierno de Estados Unidos que consideraba que la treintena de misiles de fabricación china que poseían las FF.AA. desde los años noventa, podía ser sustraída y usada en acciones terroristas, se aceptó entregarlos a la embajada de ese país en Bolivia para su desmantelamiento total con el argumento de que estaban obsoletos y fuera de uso útil. Rodríguez afirmó que nunca autorizó la entrega del material a los Estados Unidos. Los misiles fueron sacados de Bolivia por un avión norteamericano. La noticia se filtró y generó una presión de medios y opinión pública que obligó a la devolución de los misiles ya desactivados. Esta decisión derivó en una acusación del MAS contra el Presidente, el ministro de defensa y miembros del mando militar.