El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
El tema de la corrupción volvió a ser prioritario en la agenda gubernamental. En noviembre de 1998 el Vicepresidente presentó al país un plan de lucha contra la corrupción trabajado junto a la cooperación internacional, referido a legislación, reestructuración administrativa y desburocratización como objetivos. Sin embargo, los problemas en aduana (entrada ilegal de automóviles), en la policía (manejo irregular de fondos de la institución), en el ministerio de Salud (sobreprecio de la adquisición de vacunas) y en el de Trabajo (ingreso ilegal por fronteras de un camión de propiedad del ministro del ramo), condujeron al Presidente a destituir de sus cargos al ministro de Salud Tonchi Marincovic, al de Trabajo Leopoldo López, a los directores de aduana Castedo y el Gral. Monje y al comandante general de la policía Gral. Ivar Narváez. La percepción ciudadana sobre el tema no cambió, a pesar de esta señal. Se abrió una investigación al ministro de defensa Fernando Kieffer por haber comprado -por instrucciones del Presidente- un avión inadecuado y con indicios de sobreprecio para defensa civil, que además se usó para otros fines. Luego se demostró que el negociado había sido manejado por el propio Presidente y sus allegados. También se descubrieron severas irregularidades en el manejo de los fondos para los damnificados del terremoto de Cochabamba. A su vez, la contraloría emitió un informe que demostraba irregularidades serias en el manejo económico de la prefectura de La Paz por parte del prefecto Luis Alberto Valle, yerno del Presidente.
Un polémico fallo de la Corte Suprema de Justicia determino que el gobierno pagara beneficios sociales a ex-trabajadores del Lloyd Aéreo Boliviano por un monto de 56 millones de bolivianos, lo que llevó al parlamento a abrir un proceso contra tres magistrados de la corte Luis Alberto Alipaz, Carlos Assad y Eduardo Terrazas, quienes en criterio de la comisión de constitución de la cámara baja, debían ser sujetos de un juicio de responsabilidades por prevaricato. Los magistrados renunciaron a sus cargos o se jubilaron, antes de ir a juicio.
En diciembre de 1997 fue intervenido y liquidado el banco Bidesa, cuyo principal accionista y ejecutivo Roberto Landívar fue acusado de un estafa de más de 60 millones de dólares (la mayor en la historia económica reciente), 26 de ellos directamente defraudados al estado. Se protegió al ser electo diputado por NFR y apelar a su inmunidad, pero finalmente fue desaforado y encarcelado.