El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
Hugo Banzer logró coronar su máxima aspiración política personal, un segundo período presidencial, pero esta vez consagrado por el voto popular como Presidente constitucional. Para su sustento logró conformar una amplia coalición de gobierno. Se alió con Nueva Fuerza Republicana (NFR), CONDEPA, MIR y UCS; éste último partido dio un salto de un gobierno a otro sin transición alguna y a pesar del fuerte encono entre su antiguo y su nuevo aliado. Este acuerdo le dio al gobierno dos tercios en el parlamento, que le permitieron un amplio margen de decisión y le posibilitaron hacer cambios a algunas de las reformas estructurales de la gestión de Sánchez de Lozada.
La inexistencia de un programa de gobierno claro, las características de la alianza y la heterogeneidad de sus socios, dificultó la definición programática de Banzer que solo pudo concretarse en noviembre de 1997. Cuatro fueron los pilares de ese proyecto: Oportunidad; crecimiento económico y generación de riqueza, a través de mejorar la calidad ambiental y el ordenamiento territorial, la meta era llegar al final del gobierno con un 7% anual de crecimiento del PIB. Equidad; desarrollo humano, salud, educación y capacitación laboral (lucha contra la pobreza). Institucionalidad; instituciones democráticas, sistema judicial, descentralización administrativa, sistema político y lucha contra la corrupción. Dignidad; lucha contra el narcotráfico y erradicación de coca, la meta era la erradicación total de la coca excedente al 6 de agosto del 2002.
La primera ley aprobada por el legislativo fue la reforma de la ley del poder ejecutivo que había aplicado Sánchez de Lozada, aumentando el número de ministerios de doce a catorce y creando viceministerios en sustitución de las secretarías nacionales. Lo más destacado fue el renacimiento de los ministerios de Educación y Salud y la creación del ministerio de Comercio Exterior. En 1999 repuso el ministerio de Comunicación con el nombre de Información Gubernamental. Otro de los cambios que el gobierno hizo fue el del sistema regulador. Eliminó las superintendencias de Seguros, Valores y Pensiones, fundiéndolas en una sola. Creó también el Superintendente de Recursos Jerárquicos lo que debilitó al Superintendente General.
En diciembre de 1997 el gobierno decretó el alza de los hidrocarburos en un promedió del 27%, lo que generó la primera caída de la popularidad del Presidente. Fue el porcentaje de aumento más alto desde 1992 en este rubro. El alza periódica y sostenida de precios forzada por la subida del petróleo en el mundo, obligó al gobierno a congelar los precios de carburantes en un convenio con las productoras, lo que lo hizo asumir un gasto adicional del TGN para compensar los desfases de precios.
En la ONU, Banzer volvió a reclamar una salida marítima para el país y exigió el retiro de minas antitanques y antipersonales sembradas por Chile en la frontera con Bolivia. El gobierno chileno no hizo efectiva esta acción. La política hacia Chile a pesar del embate inicial, no produjo un giro de fondo en lo que hace a las relaciones económicas, pero un nuevo tema complicó la agenda bilateral, el usufructo gratuito por parte de Chile de las aguas del manantial del Silala (en el departamento de Potosí) que Bolivia consideraba que debían ser pagadas por quienes las usan en ese país.
En mayo de 1998 se produjo un fuerte terremoto en el departamento de Cochabamba, el más intenso en Bolivia en la segunda mirat del siglo XX. La población más afectada fue Alquile, también fueron seriamente dañadas Totora y en menor medida Mizque. Casi 80 personas murieron y centenares quedaron heridas. Miles de familias quedaron sin hogar.
En julio de 1999 fue inaugurado el gasoducto entre Bolivia y Brasil, la inversión más grande encarada en el país en todo el siglo. Iniciado en el gobierno de Sánchez de Lozada, fue inaugurado por los presidentes Banzer y Cardoso con una capacidad de transporte diario de hasta 30 millones de pies cúbicos de gas a plena capacidad.
El 7 de junio de 2001 murió en Tarija el ex presidente Víctor Paz, el hombre más influyente del siglo XX en Bolivia. Su entierro expresó el sobrio respeto de un país que le rindió el homenaje que merecía. El 27 de agosto de ese mismo año murió Juan Lechín, el más grande caudillo sindical de la historia. La desaparición de ambos cerró una de las páginas más intensas e importantes del pasado boliviano.