La precariedad del régimen militar se agudizó con las manifestaciones callejeras. Las ambiciones de sus ministros habían ya condenado al gobierno. A principios de abril el titular de Gobierno, Antonio Seleme, el más audaz de los ministros conspiradores, tomó contacto con la oposición, particularmente con el MNR (Siles Zuazo, Lechín), partido al que Seleme incluso juró, y con FSB (Únzaga). El ocho, una reunión del ministro con un joven dirigente falangista terminó con la salida de Falange del golpe, por discrepancias de programa y eventual distribución de cargos.
El paréntesis del Chaco parece haber dado a la jerarquía y al clero un respiro en su confrontación con el estado. Los capellanes militares (mons. Luis Alberto Tapia) vieron por primera vez juntos en las trincheras a los miembros de razas y posiciones distintas. Allá donde se forjaron los nuevos políticos, algunos de ellos aceptaron y propagaron la iglesia católica como uno de sus elementos programáticos, es el caso de Falange Socialista Boliviana. El período 1925-1950 había sido proclive al congresionismo. Se realiza en congresos eucarísticos públicos con asistencia de las máximas autoridades políticas en Sucre (1925), La Paz (1938), el congreso Mariano en Cochabamba (1950) y otros. Apareció la Acción Católica Boliviana, que reclutó personas de gran calidad espiritual y con desempeño de importantes cargos públicos. Nacieron también la Juventud Obrera Católica, la Juventud Estudiantil Católica, etc. Se dio una revitalización de grupos juveniles, que si bien seguían consignas de otros países, trabajaron activamente en la conversión de la sociedad. Su influencia, sin embargo no pudo equipararse a la ejercida por movimientos sociales de corte marxista o socialista. Se fundó el periódico católico "Presencia" (1952) que sería en las décadas de los años sesenta y ochenta el más importante del país.
Entre 1930 y 1960 nace un conflicto m el seno de la iglesia vinculado a la pugna entre el clero extranjero y el nacional. Al principio de ese período hubo un predominio de extranjeros que se acentuó sobre los nacionales que cada vez eran menos. Se produjo mucha deserción en los seminarios de La Paz, Cochabamba y Sucre y la hay a nivel de sacerdotes ya formados y con mucha experiencia, tal es el caso del padre Nicolás Fernández Naranjo, Nicolás Chávez Lobatón o Luis Soria Lenz. Otro tanto ocurrió con obispos de la talla de J. Garret y A Sieffert de La Paz, Tomás Aspe de Cochabamba, Diego Riveros de Sucre y F. Buehl de Oruro. Esto repercutió negativamente entre los fieles. Esta tendencia se mantuvo en los años 70 y 80 que robustecieron más la presencia del clero extranjero frente a una disminución sostenida del nacional. A ello se sumó el cada vez mayor manejo de los nuncios (embajadores del Vaticano en el país) en los negocios de la iglesia.
A esto debe añadirse el crecimiento paulatino de confesiones cristianas no católicas que llegaron a Bolivia en el siglo XIX (las llamadas iglesias evangélicas históricas). Esta presencia no alteró la mayoría abrumadora de católicos, superior al 95 % del total de la población hasta bien entrados los años 80 del siglo XX.