La precariedad del régimen militar se agudizó con las manifestaciones callejeras. Las ambiciones de sus ministros habían ya condenado al gobierno. A principios de abril el titular de Gobierno, Antonio Seleme, el más audaz de los ministros conspiradores, tomó contacto con la oposición, particularmente con el MNR (Siles Zuazo, Lechín), partido al que Seleme incluso juró, y con FSB (Únzaga). El ocho, una reunión del ministro con un joven dirigente falangista terminó con la salida de Falange del golpe, por discrepancias de programa y eventual distribución de cargos.
En la madrugada del 23 de agosto de 1939 tras una fiesta familiar, llega la hora fatal para el joven Presidente. Su esposa y dos de sus edecanes vivieron de cerca la tragedia. Todas las versiones parecen ratificar la tesis de suicidio. El Presidente era proclive a cambios bruscos de carácter y etapas de depresión. Una versión indica que esa misma noche intentó pegarse un tiro en presencia de sus edecanes Carmona (hermano de su esposa Matilde Carmona) y Goitia y éstos se lo impidieron. El hecho es que a las cinco y media de la mañana, encerrado en su escritorio se disparó en la sien, quedando agonizante. Murió a las pocas horas en el hospital General de La Paz.
La figura de la sucesión era compleja porque, si bien Enrique Baldivieso había sido elegido vicepresidente en 1938, al declararse Busch dictador, el orden constitucional se había alterado y la legitimidad del vicepresidente se podía cuestionar. El tema pasaba, sin embargo, por la decisión del poder armado. El ejército ya había tomado la decisión, Carlos Quintanilla se hizo cargo de la presidencia y Bernardino Bilbao ocupó el comando en jefe de las FEAA. Baldivieso intentó convencer en palacio a los jefes militares pero era ya tarde. No cabe duda de que fue una sustitución inconstitucional en el mando de la nación.