La precariedad del régimen militar se agudizó con las manifestaciones callejeras. Las ambiciones de sus ministros habían ya condenado al gobierno. A principios de abril el titular de Gobierno, Antonio Seleme, el más audaz de los ministros conspiradores, tomó contacto con la oposición, particularmente con el MNR (Siles Zuazo, Lechín), partido al que Seleme incluso juró, y con FSB (Únzaga). El ocho, una reunión del ministro con un joven dirigente falangista terminó con la salida de Falange del golpe, por discrepancias de programa y eventual distribución de cargos.
La creación de logias militares posteriores a la guerra del Chaco, refleja el espíritu de descontento y de conciencia de cambio que adquirieron los jóvenes oficiales en el frente de la guerra. Las logias militares más influyentes de esos años fueron la "Santa Cruz" que se conocía públicamente y la RADEPA (Razón de Patria) que funcionaba secretamente. Estas logias, carentes de una estructura ideológica o programática consistente, se apoyaban fundamentalmente en la necesidad obsesiva de moralización del país, la estricta disciplina y la necesidad de imponer orden. Sus simpatías por el modelo nacionalsocialista alemán fueron probablemente una razón para aproximarse a los jóvenes movimientistas también filofascistas.
Entre septiembre y diciembre de 1943 RADEPA y MNR hicieron un acuerdo secreto, mientras el descontento promovido por la censura al gobierno desde el parlamento debilitaba a Peñaranda. Las consecuencias de la masacre de Catavi terminaron por hacer caer al gobierno. En diciembre el Presidente convocó a altos oficiales a reuniones de análisis en palacio de gobierno, intentaba negociar su permanencia en el poder. Era tarde. El 20 de diciembre se llevó a cabo el golpe. Peñaranda fue hecho prisionero en su casa y enviado al exilio (vivió en parte un drama parecido al que le hizo vivir a Salamanca en Villamontes). El palacio fue tomado muy temprano y la posición ahora rebelde del mayor Taborga, hombre de confianza de Peñaranda, terminó por desmoronar al régimen. Sin más violencia Gualberto Villarroel se hizo cargo de la presidencia.