La precariedad del régimen militar se agudizó con las manifestaciones callejeras. Las ambiciones de sus ministros habían ya condenado al gobierno. A principios de abril el titular de Gobierno, Antonio Seleme, el más audaz de los ministros conspiradores, tomó contacto con la oposición, particularmente con el MNR (Siles Zuazo, Lechín), partido al que Seleme incluso juró, y con FSB (Únzaga). El ocho, una reunión del ministro con un joven dirigente falangista terminó con la salida de Falange del golpe, por discrepancias de programa y eventual distribución de cargos.
Villarroel nació en Villa Rivero (Cochabamba) el 15 de diciembre: de 1908. Ingresó al colegio militar en 1925. Fue alumno destacado de esa escuela de armas. En la guerra del Chaco fue jefe de claves con asiento en Villamontes. Como parte del regimiento Ayacucho 8 de infantería actuó en Cañada Strongest, Huirapitindi e Ibibobo. También estuvo en la defensa de Villamontes. En 1935 fue ascendido a capitán. En 1943 era mayor y trabajaba como subjefe del estado mayor del ejército. Llegó a la presidencia a los 35 años mediante un golpe de estado que derrocó a Peñaranda. Murió trágicamente, siendo presidente el 21 de julio de 1946 cuando tenía 37 años.
Gobierno de Villarroel 1943-1946
El nuevo gobierno que se instaló en palacio quemado, fruto de la alianza entre RADEPA de Villarroel y el MNR de Paz Estenssoro, no llegó en el mejor momento. La polarización producida por la segunda guerra era muy fuerte y radepistas y movimientistas daban la imagen de un claro pronazismo (lo que no estaba muy alejado de la realidad). La posición estadounidense fue drástica, no reconoció al gobierno. Villarroel envió a un emisario confidencial, Enrique Sánchez de Lozada para convencer al departamento de estado. Otra personalidad enviada para esta misión fue Víctor Andrade. El reconocimiento tardó seis meses. Las condiciones fueron duras, salida del gobierno de Carlos Montenegro y Augusto Céspedes primero y de todo el MNR después, expulsión de residentes alemanes y japoneses del país. La salida del MNR fue temporal, ya que luego volvió al gobierno y su influencia sobre las medidas económicas y sociales del régimen fue muy fuerte.
Villarroel continuó con la aplicación de las sugerencias del plan Bohan y el fortalecimiento de la CBF, aunque con crédito externo, ante la política reticente del Banco Central para apoyar estas iniciativas. Se aprobó la construcción de un oleoducto Camiri-Cochabamba y la construcción de la primera refinería importante de petróleo en Valle Hermoso (Cochabamba).
El gobierno convocó a elecciones para asamblea constituyente. Siguiendo el camino de Busch, pidió la aprobación de una nueva constitución y la constitucionalización del Presidente de facto. En junio de 1944 se realizaron las elecciones, el MNR ganó la mayoría (66 escaños), también el PIR tuvo una importante representación. La izquierda copaba el escenario del parlamento reservado tradicionalmente a la reducida clase dominante. Franz Tamayo fue invitado por el gobierno a volver al parlamento y ya elegido fue proclamado como presidente de la asamblea. La reforma constitucional de 1945 siguió fielmente la línea de la carta de 1938. Establecía por ejemplo, la igualdad jurídica de los hijos y el reconocimiento del matrimonio de hecho con todo lo que implica en favor de la pareja en caso de separación y de legislación social. En política social el parlamento reconoció además el fuero sindical y el retiro voluntario con indemnización.
El 6 de Agosto de 1944 el congreso eligió a Villarroel como Presidente constitucional de la República acompañado por Julián Montellano en la vicepresidencia (el 5 de abril de 1944 la junta de gobierno que tomó el poder bajo la conducción de Villarroel había sido disuelta y éste quedó como Presidente interino).