Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Portugal, que veía con cierto recelo los fabulosos descubrimientos de España, presentó sus reclamaciones al Papa pidiendo se reconozcan sus derechos a los viajes y exploraciones por el océano.
La Bula de Alejandro VI concedía a España todas las tierras situadas a cien leguas al Occidente de las Azores e islas del Cabo Verde que eran portuguesas.
Juan II de Portugal acreditó a sus embajadores ante los Reyes Católicos, y en 1494, en la villa castellana de Tordesillas, se acordó la nueva demarcación. Esta era una linea que pasaba a 370 leguas del Cabo Verde. El trazado de la línea corrió a cargo de dos carabelas, una española y otra portuguesa. Por este tratado se adjudicaba, impensadamente, a Portugal un gran trozo del Brasil, hasta el meridiano 46 de longitud occidental. Este territorio fue descubierto en 1500 por el marino portugués Álvarez Cabral. El tratado de Tordesillas no resolvió las dificultades entre España y Portugal, ya que el litigio por los territorios americanos subsistió en los siglos XVII y XVIII.