Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
En 1533, Almagro llegó con refuerzos desde Panamá. Con ellos, y nombrando Inca a Manco II (Hermano de Atahuallpa), Pizarro y Almagro sientan sus reales en el Cuzco en 1534, organizando la capital del incanato a la manera española, con regidores y alcaldes.
Más tarde, en 1536, Pizarro funda la Ciudad de los Reyes (Lima). Dividió el territorio conquistado en dos partes. El norte, con 260 leguas, pertenecía a Francisco Pizarro bajo el nombre de Nueva Castilla; y el sur, con el nombre de Nueva Toledo, a Almagro. Esta gobernación tenía 200 leguas hacia el sur. He aquí uno de los primeros títulos coloniales de la pertenencia del Litoral a Bolivia. Al sur de la gobernación de Almagro comenzaba la de Pedro de Mendoza, conquistador del Río de la Plata.
Las desavenencias entre Pizarro y Almagro sobre los límites de sus gobernaciones, hicieron que el Marqués propusiera al Adelantado Diego de Almagro la exploración del sur, permitiendo a su socio la posesión del Cuzco. Reunidas las fuerzas suficientes, mandó una expedición marítima de avanzada que llegó hasta cerca de Coquimbo. Por tierra fueron los hombres al mando de Juan de Saavedra, quien marchó por la orilla del lago Titicaca y cruzó el Desaguadero, penetrando al actual territorio de Bolivia. Luego avanzó hacia el sur fundando a su paso Paria y Tupiza.
Almagro salió del Cuzco en julio de 1535, y siguiendo las huellas de Saavedra, estableció su primer campamento en Faria. Lo acompañaban el gran sacerdote incaico Villac Urna y el Inca Paullu a fin de facilitar la entrada de los españoles en los territorios que eran dominio de los incas. La expedición pasó luego a Tupiza y de allí hasta Salta (Argentina). Después de muchos inconvenientes cruzó la cordillera avistando tierras chilenas el año de 1536.
Desilusionados al no encontrar las riquezas que habían originado la exploración, los españoles decidieron regresar al Cuzco. Sus avanzadas llegaron al desierto de Atacama y después de grandes tropiezos atravesaron el desierto y la región de Tarapacá, llegando cerca de Arequipa el año de 1537. Con esta expedición, Diego de Almagro incorporó a las tierras altas la zona del Litoral; este hecho dio lugar a que, cuando se creó la Audiencia de Charcas, el litoral formara parte de su jurisdicción.