Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
En 1537 Diego de Almagro regresaba de Chile por el camino de la costa. Venía desilusionado, pero ante todo venía mal dispuesto hacia su socio pues no estaba satisfecho con lo que le cupo en el reparto real, prendió a los hermanos Pizarro y se alzó en el Cuzco, constituyéndose así en el primer rebelde del Perú.
Los Pizarro lograron escapar de esta ciudad, comenzando entonces la guerra entre ambos bandos. Don Francisco dio la decisiva batalla de las Salinas, en la que fue derrotado Almagro. Hecho prisionero y conducido al Cuzco, fue juzgado y degollado en la plaza, en abril de 1538.
El hijo de Almagro trató de reivindicar los derechos de su padre, tramando una conspiración que estalló en Lima, la cual dio por resultado la muerte del Marquez Francisco Pizarro en junio de 1541. En contra del nuevo insurrecto se puso el pacificador Vaca de Castro quién, auxiliado por los partidarios de Pizarro, venció a Almagro “el Mozo” en la batalla de Chupas quién fue ejecutado en el Cuzco en 1542.