Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
La pacificación del Perú, realizada por el Licenciado Vaca de Castro después de la batalla de Chupas, fue efímera. Al poco tiempo nuevas guerras o bandos ensangrentaron el país a raíz de las Ordenanzas de Barcelona que iban dirigidas a reprimir los abusos de los conquistadores del Perú.
Estas ordenanzas, dictadas por Carlos V, eran la respuesta del estado español a la prédica de Bartolomé de las Casas a favor de los indios. Para hacerlas cumplir, creó el monarca el cargo de virrey del Perú cuyo nombramiento recayó en el caballero de Ávila, Don Blasco Núñez de Vela llevaba la misión específica de hacer cumplir las Ordenanzas de Barcelona las cuales desposeían a los conquistadores de muchos de sus derechos y buscaban la mejora de la situación de los indios. Núñez de Vela había sido corregidor en Cuenca y Málaga, mandando en 1537 la armada que custodiaba las costas de Andalucía. Le acompaño en su misión el Licenciado Cepeda. Entro a Lima como Virrey, el 15 de mayo de 1544, no fue bien recibido pues los españoles no estaban dispuestos a acatar las nuevas leyes.
La jurisdicción del Virreinato era muy grande pues comprendía los actuales países de Panamá, Colombia, Ecuador, Perú y Bolivia. Quedaban exentas dos gobernaciones, la del reino de Chile y de Venezuela.