Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
La más alta autoridad jurídica y administrativa en el territorio del Alto Perú, durante los tres siglos de la colonia, fue el organismo conocido con el nombre de Audiencia de Charcas.
Este organismo constaba de cinco oidores y un presidente, más algunos empleados subalternos. Las prerrogativas civiles y eclesiásticas de las que gozaban sus miembros eran tan grandes que en ocasiones crearon serio; conflictos de potestad, especialmente con la iglesia. El presidente gozaba de varios títulos, entre los cuales constaba el de capitán general de La Plata. En América del Sur la Audiencia de Charcas gozaba de la más amplia preeminencia después de la de Lima.
La Real Audiencia de Charcas fue creada por Cédula de 18 de septiembre de 1559, dada en Valladolid; sus límites fuere n fijados por Cédula de 29 de agosto de 1563. Posteriormente el mismo rey Felipe II, quien había fundado la Audiencia, le señaló nueva jurisdicción quitándole el distrito y término de la ciudad del Cuzco para hacerla depender de la Audiencia de los Reyes. Los límites de la Audiencia de Charcas quedaron definidos por el norte hasta el Collao (Ayaviri y Asillo), provincias de Sayabamba y Carabaya; al noroeste las provincias de Moxos y Chunchos, al este y sudeste las tierras pobladas por Andrés Manso y Ñuflo de Chávez (Chaco Boreal) y las jurisdicciones de Tucumán, Juries y Diaguitas. En el siglo XVII (1617) estos límites fueron reducidos, quitando de la Audiencia de Charcas el gobierno del Río de La Plata.
Por el sur, pertenecía a la Audiencia de Charcas la zona del Desierto de Atacama hasta el paralelo 25º 30' (desembocadura del Río Salado). Este último límite se mantuvo hasta la fundación de la república, quedando incorporada esa zona a Bolivia con el nombre de Departamento del Litoral.
Toda la jurisdicción de esta Audiencia se llamaba “Nuevo Reino de Toledo” desde los tiempos de Pizarro y Almagro. El primer presidente de la Audiencia fue Pedro Ramírez de Quiñones y el cuerpo de la misma estaba compuesto por los Oidores Juan Matienzo, Pedro López de Haro y el Licenciado Recalde.