Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
En Charcas, Centeno hizo frente al rebelde, pero fue derrotado en Pocona por una hábil maniobra de Carvajal. Escapó el defensor del rey después de haber sido preso y se tuvo que refugiar en la costa; sus tropas y capitanes se dispersaron esperando una mejor oportunidad. Quedó dueño del Perú Gonzalo Pizarro y fue recibido triunfalmente en Lima. Al poco tiempo se rehizo Centeno y llegó a formar un ejército con el que combatió a Carvajal llamado el "Demonio de los Andes".
Conocida en España la rebelión pizarrista y viendo el Emperador el fracaso de su virrey, dio plenos poderes para pacificar al Perú a un humilde clérigo: Pedro de la Gasea. La Gasea, sagaz y hábil en política, cuando viene a Indias trae como única arma su breviario; silencioso e ignorado, desembarca en el Perú en 1547. Con gran táctica y maquiavélica política, valiéndose de promesas, se gana poco a poco a los partidarios de Pizarro que pasan a formar el partido del rey, dejando abandonado al soberbio rebelde.