Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Natural de Garrobilla, provincia de Badajoz, desde 1538 tomó parte activa en las luchas internas entre Pizarro y Almagro donde se destacó como hábil militar.
Antes de la derrota definitiva de Pizarro, Mendoza fue nombrado por el presidente La Gasea alcalde y luego gobernador de Chuquisaca, gobernación que comprendía hasta Potosí. Después de la derrota de Pizarro, Mendoza recibió órdenes de La Gasea de fundar una nueva población a la que pondría el nombre de Nuestra Señora de La Paz.
En 1549, al mando de ochenta vecinos de la recién fundada ciudad, Mendoza fue a socorrer la ciudad de Potosí que se hallaba amenazada por un alzamiento de indios. Al parecer murió en Tipuani, propiedad que explotaba, en mayo del año 1550.