Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Atahuallpa nació alrededor de 1500 en las proximidades de Quito (Hoy provincia de Imbabura en Ecuador), hijo del último gran Inca, Huayna Capac y de la princesa Tupac Palla. Fue el último de los incas reinantes antes de la llegada de los europeos; lo sucedieron otros incas sujetos al dominio español y rebeldes al imperio conquistador, que no pudieron recuperar nunca el poder sobre sus tierras.
El problema de la herencia del reino fue fatal para él y su pueblo. Heredó el norte con su centro en Quito, mientras su hermano Huáscar, que desde la capital de los incas consideraban el heredero legítimo del imperio, se quedó con el sur con su centro en Cuzco. Al no haber acuerdo entre ambos estalló una verdadera guerra civil que terminó por coincidir con la llegada de Pizarro. En 1532, Atahuallpa venció a Huáscar en la batalla de Quipaypán.
El 16 de noviembre de 1532 fue aprehendido por Pizarro en Cajamarca. Ya preso ordenó a sus hombres matar a Huáscar y a toda su familia y descendencia. Después de haber ofrecido y entregado a los españoles un rescate por si vida y libertad, fue ejecutado por Pizarro que lo acusó de idolatría, fratricidio y traición. Murió el 26 de julio de 1533, cuando tenía alrededor de 33 años.