Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Al frente de las tropas de Pizarro, y como lugarteniente suyo, sobresale la interesante figura de Francisco Carvajal. Viejo soldado de la conquista, duro y despiadado, Carvajal era un gran táctico gracias a cuya pericia se mantuvo en jaque a las fuerzas realistas durante cuatro años.
El virrey, puesto en libertad por el oidor Álvarez, desembarcó en Túmbez y organizando un ejército en compañía de Benalcázar se dirigió hacia el sur a sofocar la rebelión.
Del Alto Perú, donde surgiera la rebelión, salieron también los contrarrevolucionarios a cuya cabeza se encontraba Diego Centeno. Este capitán formaba parte del bando pizarrista, pero inesperadamente se dirigió a Chuquisaca, y en una reunión que se realizó en San Lázaro, se declaró, junto a otros muchos, a favor del emperador haciendo promesa de destrozar la rebelión de Gonzalo Pizarro, quién luchaba junto a Carvajal.
Diego Centeno y sus hombres, mediante hábil golpe, se apropiaron de la plaza y se formó un ejército que hizo frente a Gonzalo Pizarro (1544); quién se apresuró a ir al norte para alcanzar la ciudad de Lima.
La Audiencia y el pueblo de Lima recibieron a Pizarro con alborozo y casi todo el Perú se declaró a favor de él. El virrey Blasco Núñez de Vela se retiró prudentemente hacia Quito. Cuando Gonzalo Pizarro lo supo, formó su ejército y se encaminó en busca del virrey; en rápida marcha lo alcanzó. Núñez de Vela volvió a retirarse al norte, y después de varias escaramuzas de ambas partes se dio el encuentro definitivo en Añaquito, cerca de la capital actual del Ecuador. Allí las tropas reales fueron derrotadas y el virrey muerto (enero de 1546). Gonzalo fue recibido con grandes honores en Quito y más de uno le aconsejó proclamarse emperador del Perú.