Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Por provisión del Virrey Don Francisco de Toledo emitida el 22 de enero de 1574, se encarga al Capitán Don Luis Fuentes la fundación de una villa en el valle de Tarija, en los términos y región de los chiriguanos. Fuentes y 45 españoles se pusieron en camino hacia el sur del país; llegados a las faldas del Calama, lugar habitado por los “tomatas”, hicieron un fuerte para contener las posibles acometidas de los chiriguanos. Este grupo a llegar al valle encontró una antigua población levantada por los conquistadores que trabajaron en la zona con anterioridad; esta población se conoce hoy como San Lorenzo o “Tarija la Vieja”. Pasaron más adelante, y a orillas del río Nuevo Guadalquivir Luis de Fuentes fundó la Villa de San Bernardo de Tarija el 4 de julio de ese mismo año de 1574. Fuentes fue nombrado Capitán y Justicia Mayor.
La riqueza ganadera del valle era proverbial y se fue incrementando con los años. Este ganado provenía de la hacienda de Juan Ortiz de Zarate, quien pobló aquellos parajes hacia 1563. En el año de 1575 fue fundado el convento de Santo Domingo por e fraile Francisco Sedeño que había llegado acompañando al primer grupo de colonizadores. La tranquilidad de la ciudad recién fundada se vio alterada frecuentemente por las invasiones de los chiriguanos que la asediaron los 25 primeros años de su existencia. Para contener estas invasiones, y después del combate de Matará (1578), los españoles construyeron fuertes avanzados en Narváez, San Diego, San Luís, Zapatera y Caraparí. Fuentes murió en 1598.