Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
En esos días de abril de 1533 llegó a Cajamarca Diego de Almagro, viejo amigo y socio de Pizarro, con 150 hombres. En julio el increíble tesoro de los incas fue fundido para repartirse entre los españoles y enviar el quinto real. Se perdió así un testimonio artístico invalorable. El resultado fueron 6.087 kilos de oro fino y 11.793 de plata. A cada soldado de a caballo le tocó 40 kilo de oro y 80 de plata. Uno de los botines más fabulosos de la historia universal.
En esos mismos días Atahuallpa se enteró de que Huáscar había sido aprehendido y se hallaba a pocos días de Cajamarca. Pizarro mostró gran interés en conocerlo. El Inca rehén, que mantenía contacto con sus allegados y era tratado de acuerdo a su rango, no dudó y ordenó darle muerte a su hermano. La escolta de Huáscar enterada de la orden del Inca preso lo asesinó, hay diferentes versiones de esa muerte. Garcilaso de la Vega dice que una vez muerto lo despedazaron, Acosta dice que el cuerpo se habría quemado, otras fuentes indican que el cuerpo fue lanzado al río Andamarca. Probablemente Atahuallpa pensaba que resuelto el rescate, la muerte de su hermano aseguraba su supremacía en todo el imperio.