Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Al llegar el primer virrey a Lima en 1544, y como era hombre duro en inflexible trato de hacer cumplir las nuevas leyes a todo trance.
Era popular entre los conquistadores el partido contrario a estas Ordenanzas, las que en su parte principal favorecían a los naturales, lesionando los intereses de los encomendados. Un grupo de éstos solicito a Gonzalo Pizarro, que entonces se hallaba en Porco (departamento de Potosí), que los encabezase en contra de las disposiciones del monarca y especialmente en contra de Vela.
Pizarro, único heredero en el Perú del difunto marqués, tomó partido por la rebelión y se trasladó al Cuzco desde donde, por cartas, trato de sublevar a todo el país. Lo rodearon muchos de los más prominentes guerreros y capitales que habían intervenido en la conquista, entre ellos algunos que tomaron parte en la historia del Charcas, como Francisco de Carvajal, Diego Centeno y Alonso de Mendoza. Como primer síntoma de rebelión la Audiencia de Lima apresa al virrey y lo envía cautivo a España.