Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
El siglo XVI se cierra condos expediciones más: la de Álvarez de Maldonado y la de Tordoya. El primero entró en 1567 a los territorios de los chunchos por los Andes de Opotari y fundó una ciudad con el nombre de Vierso. Desde ahí envió a Mnauel de Escóbar con ochenta hombres para que internándose en las llanuras efectuarse nuevas fundaciones.
Álvarez de Maldonado fue el explorador que más ampliamente conoció las tierras del norte de Bolivia en su época, recorriendo más de 200 leguas. Volvió a entrar en la región de los chunchos en 1573, pero su expedición fracasó.
El primer sacerdote que ingreso a la tierra de Moxos fue el carmelita Vázquez de Urrea que participo en las dos últimas expediciones militares que se internaron por esta región. Recorrió las tierras del actual departamento de Pando, entre 1560 y 1568, pereciendo junto a Gómez de Tordoya cuando su expedición fue atacada por los toromanas.
El cura de Mataca, Cabello de Balboa, con autorización de la Audiencia de Charcas, salió el año 1549 de La Paz dirigiéndose hacia el norte por la provincia de Lecos. Siguiendo la orilla izquierda del rio Beni atravesó la confluencia del Tuichi hasta llegar al Madre de Dios. Tres años más tarde, en 1579, el jesuita Juan de Urrea salió de La Paz por la ruta de Apolobamba hasta llegar a la región de los chunchos, siendo victimado por los indios.