La actividad de Bolívar en Bolivia se redujo a establecer, mediante leyes, las bases legales de la nueva nación, correspondiendo a Sucre la tarea de reactivar la economía y de sostener una política de reformas revolucionarias que significaban un cambio sustancial en todos los estratos de la sociedad. Para lograr este objetivo Sucre necesitaba rodearse de hombres capaces y de su entera confianza, además debían estar acordes ideológicamente con el sistema republicano.
En 1792 llegó a Moxos en calidad de gobernador Miguel Zamora y Triviño, pero fueron tales los excesos que cometió, que los indígenas encabezados por Juan Maraza, cacique de los canichana, lo expulsaron. Algo después fue nombrado gobernador Pedro Pablo de Urquijo quien, dándose cuenta del poder de Maraza, lo condecoró alegando que “tiene al pueblo en el mejor orden”. En 1810 Urquijo tuvo noticia de los acontecimientos tanto en España como en la audiencia por lo que decidió abandonar Moxos, y pedir ayuda a Maraza. Entre tanto se había revelado la misión de Trinidad encabezada por el cacique Pedro Ignacio Muiba, lo que hizo que en 1810 ambos caciques se enfrentaran; Maraza colaborando a Urquijo, y Muiba ayudado por el cacique Bopi, en una abierta actitud de rebelión con miras a la independencia. En 1811 Muiba muere después de ser vencido por Maraza quien lo enfrentó con gente armada compuesta por canichanas, cayubabas y movimas.
Este hecho había sido precedido por cartas que envía a Maraza el hermano de Muiba, el cacique Gregorio Gonzales, quien le informa de los acontecimientos y trata de evitar un enfrentamiento. En una de las cartas se dice: “Nuestro Rey ya murió en Francia, ya mataron y Bonaparte está en Palacio donde estaba nuestro Rey y Espania ya está perdido...y aquí no quieren avisar la verdad engañando a nosotros estamos prontos con tus hijos trinitarios como hermanos y así no triste taita, avisa a tus hijos canicianas (canichanas)...no avisar esta carta al señor gobernador, a nadies, ni al padre...”.
En tanto esto ocurría en el oriente, en la parte occidental de Charcas avanzaban las tropas argentinas, así, en 1815 llegaba el tercer ejército auxiliar, y en 1817 el cuarto y último ejército. Nada de ello repercutía en Moxos, que vivía su propia cruzada sin que los movimientos indígenas se hubieran apaciguado.
La región de Moxos continuaba inquieta, pues en 1818 los indígenas de Baures, pueblo situado sobre el río Iténez, se levantaron encabezados por el cacique Gabriel Ojeri. Entre tanto Maraza continuaba como cacique de los canichanas, y allí gobernó hasta 1822 en que el gobernador Velasco, temeroso de su poder, le pidió el bastón de mando; ante la negativa de este cacique el gobernador lo victimó produciéndose entonces otro gran levantamiento indígena.
Las juntas patrióticas de Santa Cruz y Cochabamba no hicieron intento alguno para enviar una expedición que sometiera a la región de Moxos al nuevo orden de cosas. Pudiendo considerarse que, dejados a su propio destino, los mójenos encararon los difíciles años de la independencia bajo su propia perspectiva.