La actividad de Bolívar en Bolivia se redujo a establecer, mediante leyes, las bases legales de la nueva nación, correspondiendo a Sucre la tarea de reactivar la economía y de sostener una política de reformas revolucionarias que significaban un cambio sustancial en todos los estratos de la sociedad. Para lograr este objetivo Sucre necesitaba rodearse de hombres capaces y de su entera confianza, además debían estar acordes ideológicamente con el sistema republicano.
Desde 1797 la Audiencia de Charcas estaba presidida por el militar Ramón García de León y Pizarro que durante su gobierno estuvo preocupado por los problemas de abastecimiento y las obras municipales. El tribunal de la Audiencia estaba formado por cinco oidores, mismo que desde la creación de las intendencias había perdido poderes y tenía continuas discrepancias con Pizarro, que representaba al virrey, por lo que procuraron limitar su autoridad.
Entre tanto en España se había producido la invasión de Napoleón, la renuncia de Carlos IV en favor de su hijo Fernando VII y, más tarde, en Bayona, Francia, en la entrevista que el monarca español sostuvo con Napoleón y la renuncia al trono en favor del francés. Es entonces que los españoles iniciaron la resistencia, formando una junta de gobierno en Sevilla.
Bajo estas circunstancias llegó a Charcas, como delegado de la junta, José Manuel de Goyeneche con la misión de conseguir apoyo de los virreinatos de Buenos Aires y Lima, antes se dirigió a Rio de Janeiro, donde tomó contacto con Carlota Joaquina, hermana de Fernando VII, que pretendía gobernar sobre las posesiones españolas en América en hombre de este rey. De tal manera que la misión de Goyeneche tenía doble cara, por una parte como emisario de la junta de Sevilla y por otra actuaba como mensajero de Carlota.
A su llegada a Chuquisaca Goyeneche desencadenó las tensiones existentes entre la Audiencia y Pizarro. Mostró a la audiencia las credenciales que le había dado la junta de Sevilla, a lo que los oidores respondieron que debían deliberar antes de dar a conocer su decisión, a lo que Goyeneche amenazó con mandar presos a quines se oposieran. El arzobispop aplacó los ánimos y Goyeneche mostró entonces las cartas de Carlota Joaquina, declarándose heredera del trono de España, cartas que ya conocían el presidente Pizarro y el arzobispo. Después de esto Goyeneche se fue a La Paz.
Los oidores quedaron sorprendidos y es entonces que señalaron que se había creado un partido carlotino formado por Pizarro, Moxó y Goyeneche quienes eran partidarios de una anexión al Brasil y por lo tanto los consideraban "traidores a la nación" en tanto que la audiencia de Charcas permanecía fiel al rey. El objetivo de los "doctores" era independizar estos territorios de España.
Se produjo un total rechazo a los propósitos de Carlota Joaquina y se proclamó como único rey a Fernando VII, además el oidor López Andreu presentó un memorial a la audiencia condenando a Pizarro y Moxó y mostrando su aversión al virrey Liniers. Se formaron dos grupos el presidente y arzobispo y por otro lado la Audiencia más los "doctores" de Charcas que ponían en tela de juicio la ambigua conducta de las autoridades.
Pizarro viendo que la situación era grave, pidió ayuda a Paula Sanz, intendente de Potosí indicando que "todas las señas quieren quitarme el mando y eregirse en junta y desconocer la autoridad del Gobierno Superior".