La actividad de Bolívar en Bolivia se redujo a establecer, mediante leyes, las bases legales de la nueva nación, correspondiendo a Sucre la tarea de reactivar la economía y de sostener una política de reformas revolucionarias que significaban un cambio sustancial en todos los estratos de la sociedad. Para lograr este objetivo Sucre necesitaba rodearse de hombres capaces y de su entera confianza, además debían estar acordes ideológicamente con el sistema republicano.
Pese a los éxitos de Goyeneche las tropas realistas no podían avanzar hacia lo que fue el Virreinato de la Plata pues su paso al sur se veía obstaculizado por los focos rebeldes que habían estallado a lo largo de todo el trayecto. Finalmente las tropas realistas de Pío Tristán fueron vencidas en Tucumán y Salta, por lo que se desvaneció el sueño de las autoridades virreinales de Lima de recuperar el Río de la Plata a través del Alto Perú.
Tristán había sido vencido por el general Manuel Belgrano que comandaba el segundo ejército auxiliar. Belgrano, a diferencia de Castelli, era un hombre prudente con una base intelectual muy sólida. Disciplinó sus tropas y supo guardar respeto por las ideas de los demás. Sin embargo, según Mitre, cometió el gran error de establecer su cuartel general en Potosí donde prevalecían los sentimientos realistas.
Entre los nombramientos que Belgrano hizo está el del español Juan Antonio Álvarez de Arenales para el mando de Cochabamba y el del porteño Ignacio Warnes, para Santa Cruz. Vale la pena indicar que estando Belgrano en Potosí se tributó un gran recibimiento al cacique chiriguano Cumbay, con su escolta de flecheros.
Por renuncia de Manuel de Goyeneche, nombrado Conde de Guaqui, se hizo cargo del ejército realista en el sur el brigadier Joaquín de la Pezuela quien marchó hacia Potosí. Belgrano lo esperó en Vilcapugio, donde se libró la batalla en octubre de 1812. Pezuela resultó vencedor y tuvo lugar una segunda batalla en Ayohuma, en la cual el ejército auxiliar también fue derrotado. La retirada de los sobrevivientes fue penosa, y de ella da testimonio el general Paz, que formaba parte del ejército auxiliar.
Belgrano, una vez en Potosí, decidió hacer volar la Casa de la Moneda, colocando barriles de pólvora en la sala donde se pesaban las monedas. Nada justifica esta terrible decisión que hubiera ocasionado el destrozo de buena parte de la ciudad a causa de la explosión. Según testimonio del general Paz se ordenó desalojar las casas aledañas a la Moneda; los ciudadanos extrañados por la orden no querían apartarse del edificio. Pese a todo, Belgrano inició la retirada seguro de que durante el trayecto estallaría la dinamita. Tal cosa no sucedió, pues el oficial Anglada, del ejército auxiliar, quien tenía amistad con personas de Potosí, arrancó la mecha por donde debía avanzar el fuego. Se ha tejido una romántica leyenda en torno a esta actitud.