La actividad de Bolívar en Bolivia se redujo a establecer, mediante leyes, las bases legales de la nueva nación, correspondiendo a Sucre la tarea de reactivar la economía y de sostener una política de reformas revolucionarias que significaban un cambio sustancial en todos los estratos de la sociedad. Para lograr este objetivo Sucre necesitaba rodearse de hombres capaces y de su entera confianza, además debían estar acordes ideológicamente con el sistema republicano.
El virrey de Abascal ordenó a Goyeneche, presidente de la Audiencia de Cuzco, organizar tropas para dominar la sublevación de La Paz. El 30 de septiembre se disolvió la Junta Tuitiva y Murillo quedo al mando de la revolución, es entonces que envió emisarios a Goyeneche con el ofrecimiento de rendir la plaza a fin de evitar el derramamiento de sangre en la ciudad. En octubre se llegó a un acuerdo comprometiéndose los revolucionarios a reponer a las autoridades y entregar las armas.
El cura Medina, Castro y Rodriguez, que eran radicales en sus ideas, no estuvieron de acuerdo con la rendición, por lo que Castro y Figueroa huyeron a Chacaltaya. Murillo fue apresado por Indaburo que había quedado como comandante de las tropas rebeldes y que tampoco estaba de acuerdo con la rendición. Castro retorno a La Paz y dio muerte a Indaburo. Entre tanto Murillo fue apresado por Indaburo que había quedado como comandante de las tropas rebeldes y que tampoco estaba de acuerdo con la rendición. Castro retorno a La Paz y dio muerte a Indaburo, pero mantuvo preso a Murillo y se lo llevó con él a los Yungas donde su tropa pensaba resistir.
Los insurrectos al dirigirse a Yungas, encabezados por Castro, trataron de reunirse con Lanza, quien era uno de los últimos sustentadores de la causa patriótica después de los sucesos de julio, pero las tropas realistas los alcanzó y victimó cerca del río Mosetenes, Goyeneche dispuso que la cabeza de Castro sea exhibida en El Alto y la de Lanza en Coroico. Murillo logró escapar hasta Zongo junto con su hija, pero fue traicionado y entregado al ejército realista.
El 25 de octubre de 1809 Goyeneche entró en La Paz e inicio un juicio a los sublevados, En total doce rebeldes fueron condenados a la horca, a los demás se los condenó a prisión y destierro. Las sentencias se ejecutaron pese a que algunos realistas prominentes solicitaron clemencia. Se indica que Murillo antes de morir dijo "La tea que dejo encendida nadie la podrá apagar".
El crecido número de acusados y condenados nos muestra la magnitud del levantamiento que se inicio vivando a Fernando VII y que llegó a ser uno de los más radicales. Los protagonistas pese a las indecisiones propias de las circunstancias por las que atravesaban, a la hora de la muerte mantuvieron una dignidad de héroes.