El problema de la sucesión presidencial acabó por desmoronar toda la estructura del partido de gobierno. Víctor Paz Estenssoro decidió ir a la reelección, un grave error político. Inmediatamente varios sectores del MNR declararon su oposición.
Durante el gobierno de Hernán Siles se produjeron varios hechos, algunos ya mencionados, que produjeron el inicio de la fractura del MNR que a la larga se tornó en una de las razones de su caída.
El plan de estabilización monetaria originó, como vimos, una ruptura entre dos alas del partido, la eliminación del co-gobiemo con la COB y el enfrentamiento entre Siles y Nuflo Chávez. Siles estaba apoyado por Wálter Guevara, su ministro de Gobierno, y Nuflo confluyó al ala izquierda liderizada por Lechín.
La sucesión presidencial determinó la primera división pública del partido. La candidatura de Guevara, que buscaba continuar la línea del gobierno de Siles, fue derrotada en la convención del MNR. A ésta asistió Paz Estenssoro que regresó de Inglaterra donde era embajador, como catalizador de la crisis. Paz, jefe del MNR, figura de equilibrio, fue proclamado candidato acompañado por Juan Lechín en una fórmula de unidad. Guevara rompió con el MNR y fundó el PRA (Partido Revolucionario Auténtico) que proclamó su candidatura y fue a la oposición.
Al romperse la regla no escrita de una sucesión alternada de los caudillos movimientistas en la presidencia, se quebró el principio de unidad. El criterio de no reelección que garantizó la estabilidad del PRI mexicano, no se respetó en este caso y esa fue sin duda, una de las razones del progresivo debilitamiento y ulterior caída del MNR.
Las elecciones de 1960
Las elecciones se realizaron el 5 de mayo de 1960. Por primen vez aparecía el MNR dividido en dos candidaturas, la oficial del partido con Paz y Lechín y la del PRA de Guevara. El resultado fue abrumador en favor de Paz Estenssoro (735.619 votos, 74,5%), luego quedó Guevara (139.713, 14%), la tercera candidatura fue de FSB con Mario Gutiérrez (78.963, 8%); con menos del 2% entre ambas figuraron las candidaturas del POR y el PCB. Guevara no se cansó de decir que esta elección había sido un fraude monumental y publicó incluso un hiriente panfleto en contra de Paz Estenssoro. Paz y Lechín se posesionaron el 6 le agosto de 1960.