El problema de la sucesión presidencial acabó por desmoronar toda la estructura del partido de gobierno. Víctor Paz Estenssoro decidió ir a la reelección, un grave error político. Inmediatamente varios sectores del MNR declararon su oposición.
Por primera vez en la historia del país un gobierno tocó la estructura más profunda del ejército. La tesis era que un estado revolucionar o debía contar con un nuevo ejército revolucionario (los modelos soviético y mexicano, en diversa medida, inspiraron en parte esta decisión). La estrepitosa derrota militar a manos de los revolucionarios en abril de 1952, condujo a la idea de que había que destruir la raíz “oligárquica” ce las FF.AA. Las dos medidas básicas que se tomaron fueron por una parte la clausura del colegio militar y por la otra la separación de filas de altos oficiales la mayoría fueron al exilio, de oficiales intermedios y el licenciamiento de los cadetes del colegio. Junto a estas decisiones que afectaron a más de 500 uniformados, se detuvo a muchos militares de alta y baja graduación que fueron trasladados a prisión. En Curahuara por ejemplo, entre 1953 y 1955 había más de 50 militares presos.
El colegio militar fue reabierto en 1953 con el nombre emblemático de “Gualberto Villarroel”. Se pensó que así se abría una nueva etapa en la que las puertas del colegio se abrían al pueblo llano como de hecho ocurrió, aunque paradójicamente serían esos militares los protagonistas del derrocamiento del MNR en 1964.
El concepto de preeminencia secante del partido identificado con el estado se tradujo en la obligación de los oficiales de las FF.AA. de jurar lealtad al partido en actos públicos, lo que fue considerado por los militares como una humillación intolerable que le cobraron al MNR y a Paz Estenssoro en años posteriores.
Finalmente, el gobierno creó milicias armadas en dos sectores, el de los trabajadores mineros y el de los campesinos. También organizó grupos de milicianos en las ciudades que respondían directamente al partido. Esta organización garantizó el poder obrero y campesino que respaldó militantemente la estabilidad de la Revolución, aunque también generaron violencia sobre todo en el campo en enfrentamientos sangrientos entre comunidades campesinas hasta bien entrados los años sesenta.