El Presidente Morales a través de su mayoría parlamentaria y tras una difícil negociación con Podemos, aprobó la convocatoria a elecciones para la Asamblea Constituyente que debía elegir 255 constituyentes y realizar el referéndum sobre autonomías. La ley indicaba que la única tarea de la Asamblea era aprobar una nueva Constitución en un tiempo máximo de un año, que sería sometida para su aprobación a un referéndum popular. La Constitución debía ser votada por dos tercios de los asambleístas.
El papel del vicepresidente en la aplicación del programa gubernamental fue muy destacado, a diferencia de sus antecesores y más allá de sus atribuciones específicas; intervino y fue responsable en buena parte del diseño de la política económica y fue, sin duda, el interlocutor ante los organismos internacionales y ante varios países que apoyan a Bolivia. Esta realidad generó algunas tensiones entre los círculos próximos al Presidente y los que estaban bajo influencia de Jorge Quiroga, lo que generó una fuerte tensión y distanciamiento entre el Presidente y el vicepresidente.
El tema llegó a su punto más crítico cuando el Presidente le exigió a Quiroga (1999) una declaración pública de lealtad ante falsos rumores de una conspiración desde la vicepresidencia, que éste tuvo que hacer. Esta situación favoreció la imagen de Quiroga, que se desmarcó de la deteriorada imagen del Presidente y pudo encarar con relativa tranquilidad su gestión tras la sucesión. Irónicamente, la gente no asoció al vicepresidente con el fracaso de la política económica y los sucesivos esfuerzos fallidos por resolverla.