Todas las sublevaciones ocurridas en la ciudad de Oruro tuvieron un carácter especial, pues en ellas los criollos y mestizos se adhieren prontamente a todo levantamiento indígena. Esto preocupo a las autoridades, sobre todo cuando se enteraron de los levantamientos de Túpac Amaru y Túpac Katari. Estos antecedentes, eran graves, sobre todo si se tiene en cuenta el estado económico de esta urbe minera, cuya franca decadencia había creado un clima de descontento y hostilidades.
Desde el punto de vista de América, la obra de la compañía fue beneficiosa: incorporó a la civilización a cientos de tribus, revirtió a las misiones americanas cuanto de ellas se extraía, logrando un gran progreso material causante de resquemores de parte de las autoridades civiles. Su labor educacional, tanto en colegios como universidades, fue amplia y efectiva, pero estos dos puntos (misional y de educación), sobre todo el primero, dio lugar a que se pasaran a España informes contrarios a su obra, entre los informantes estaba el virrey Amat.
Expulsión de los Jesuitas de Charcas
Los despachos del conde de Aranda llegaron secretamente a manos del virrey Amat y en la misma forma fueron trasmitidos al presidente de la audiencia para que se realizara la expulsión sin escándalo y la mayor premura. Estos despachos no podían ser abiertos hasta el primero de marzo y todos a un tiempo, para evitar que corriera la noticia. Una vez que las autoridades respectivas se enteraran del contenido, organizarían la expulsión en el menor plazo posible, sacando de sus casas y misiones a todos los jesuitas sin distinción de edad, incluyendo a los novicios que quisieran seguirles. No deberían hacerse excepciones ni siquiera con los enfermos.
Así salieron los jesuitas. Hubo algunos intentos de sublevación, pro unos fueron sofocados y otros pacificados por los mismos expulsos. También, siguiendo real orden, se los hizo salir por despoblado; en Charcas se tomó la ruta de Oruro y el desierto de Atacama, llevándolos hasta la costa entre gente armada. Varios murieron antes de llegar a su destino, sobre todo aquellos muy ancianos a quienes se forzó a hacer este penoso recorrido.
Momentáneamente, colegios, universidades y misiones quedaron en gran confusión y abandono; se trato de subsanar esto enviando franciscanos a las reducciones y reorganizando los planteles sobre la base del clero secular.