Vivía aún en Inca Viracocha cuando empezó a reinar en el Cuzco su hijo Pachacuti, que había adquirido gran fama por haber conquistado para los incas muchas comarcas sometiendo a varios pueblos, entre ellos a los chancas.
Para una buena parte de los cronistas y para muchos investigadores modernos, Viracocha es el dios creador andino que toma el lugar de otro, mucho más antiguo de nombre Tunupa. Cieza de León dice. “Generalmente le nombraron en la mayor parte Ticci Viracocha aunque en la provincia del Collao le llaman Taguapaca que es el otro nombre de Tunupa a quien Bertonio considera dios de los hombres que habitan a orillas del lago Titicaca”.
La estructura de Viracocha es cuatripartita ya que de él emanan Viracocha Pachayachachic que domina el norte y el Chichasuyo, Tocapo Viracocha que domina el occidente y el Cuntisuyo, Imaymana Viracocha que domina el oriente y el Antisuyo y Tunupa o Taguapaca que domina el sur o Collasuyo. De este modo Tunupa, antiguo dios creador, queda supeditado a Viracocha. Este, a su vez, se esconde en un ser plural cuya naturaleza asoma a través de sus diferentes nombres. La palabra Viracocha, con la que los Incas denominaron al dios creador andino, etimológicamente significa “espuma de mar” o “espíritu de las aguas”.
Viracocha es quien crea la primera humanidad y la destruye mediante un diluvio. Después de un tiempo de oscuridad e intensas lluvias hace que el sol y la luna emerjan en la Isla Titicaca (hoy Isla del Sol) y finalmente crea una nueva humanidad y envía a sus dos servidores Imaymana Viracocha y Tocapo Viracocha a poblar la selva (oriente) y la costa (occidente) y da muerte al rebelde Tunupa en la Isla del Sol: su cuerpo es atado a una balsa y arrojado al lago. Al chocar con la orilla abre el curso del río Desaguadero.
Según el jesuita Bernabé Cobo (hacia 1620) los moradores del Collao estaban divididos en dos pareceres: los unos afirmaban que la creación fue realizada en Tiwanaku y los otros en la isla Titicaca (hoy Isla del Sol); y añade: “cuando empezaron a decrecer las aguas la primera tierra que se descubrió fue la isla Titicaca en la cual afirman haberse escondido el sol mientras duró el diluvio, y que en pasando se vio allí primero que en ninguna otra parte”. Y continúa: “Otros dicen que después que cesó el diluvio, en que perecieron todos los de la primera humanidad el Creador formó de barro en Tiwanaku las naciones todas que hay en esta tierra, pintando a cada una el traje y vestido que habían de tener, y así mismo dio a cada nación la lengua que había de hablar, los cantares que había de cantar y las comidas, semillas y legumbres con que habían de sustentarse...”.
Hoy sabemos que hubo épocas de muy intensas lluvias y subidas del lago (informe Ostrom), el recuerdo de este hecho se cristalizó en lo que los españoles llamaron "diluvio".
Respecto al sitio donde el hombre, según la tradición andina fue creada, se mencionan indistintamente la Isla Titicaca y Tiwanaku; la arqueología nos soluciona este dilema pues dice que ambos lugares fueron equivalentes ya que Tiwanaku era una réplica simbólica de la Isla Titicaca donde Viracocha inició la creación.
Fuera de Viracocha, existe un dios pan-andino llamado Pachacámac, que era considerado el ánima del mundo; este dios bifronte pues tenía dos rostros, uno femenino y otro masculino. Dominaba los fenómenos geotectónicos. Su principal santuario estaba cenca de Lima junto al mar, y de él quedan unas pocas huellas en los alrededores del lago Titicaca.