Vivía aún en Inca Viracocha cuando empezó a reinar en el Cuzco su hijo Pachacuti, que había adquirido gran fama por haber conquistado para los incas muchas comarcas sometiendo a varios pueblos, entre ellos a los chancas.
En el siglo segundo de nuestra era Tiwanaku dejó de ser la aldea concentrada de los primeros tiempos para convertirse en la gran urbe ceremonial que tiene dos centros dominantes: el conjunto de Akapana con los edificios que la rodean y el de Puma - punku situado al sudoeste de la Akapana.
Ambos muestran la estructura doble la ciudad de Tiwanaku, que evidencian la división propia de la sociedad andina, división que pervive hasta la llegada de los españoles y después. Todas las ciudades andinas, incluyendo el Cuzco, se dividen en dos: Anan (los de arriba) y Urin (los de abajo).
El centro que se halla situado en torno a la Akapana comprende los siguientes edificios: el templete Semisubterráneo, la pirámide Akapana, Kalasasaya, Kantataita, Putuni y Keri-kala.
El Templete Semisubterráneo es el edificio más temprano pues pertenece a la época III; se halla formado por un patio hundido de forma rectangular delimitado por cuatro muros de contención en los que se han empotrado cabezas clavas que muestran diferentes estilos escultóricos; se supone que representan a los distintos pueblos que estaban sujetos a Tiwanaku como sociedad multiétnica que era. Al Templete Semisubterráneo se accede por una escalinata situada en el muro sur. Esta edificación tiene similitud con los patios hundidos de Chiripa y Pucará aunque la inclusión de cabezas clavas determina una notable diferencia. Como antecedente a este tipo de decoración podemos señalar las cabezas clavas de Chavín de Huantar (Perú), cultura anterior a Tiwanaku. En todo caso las cabezas clavas así como los patios hundidos y las estructuras pirámidales, son características de la arquitectura anterior a los “señoríos aimaras”.
En el interior del Templete se encontró la llamada “estela barbada” que es antropomorfa: ostenta nariguera en el rostro y tiene los brazos colocados sobre el pecho y vientre; en la parte baja hay dos pumas y a los costado serpientes ascendentes. Está relacionada con una serie de estelas que están en torno al lago Titicaca y que se conocen como estilo “Pajanu” o como “la tradición yaya-mama, nombres de derivan del carácter bifronte de estas esculturas. Entre las estelas de este tipo son conocidas la de Santiago de Huata, en Bolivia, y la de Taraco, en el Perú. Estas esculturas tienen dos rostros y a los costados serpientes. Son algo anteriores a la época III de Tiwanaku. Según indica el extirpador José de Arriaga, quien vio una de estas esculturas en el siglo XVII, se las adoraba pidiéndoles lluvia para las sementeras.
También se encontró dentro del Templete Semisubterráneo el “monolito Bennett” (nombre del descubridor) que es una representación humana de más de siete mts. de altura; figura que tiene las manos sobre el pecho y sostiene un vaso “kero” en una de ellas. En el cuerpo están tallados símbolos del desarrollo agrario, plantas alucinógenas y camélidos.
Akapana es una pirámide hecha a mano, tiene 140m. de este a oeste y 180m. de norte a sur, con una altura de 15m. Está orientada a los puntos cardinales y su planta asume una forma escalonada con un patio hundido en su interior. Sobre el lado oriental estaba la escalera principal. La pirámide está formada por siete plataformas sucesivas delimitadas por muros de contención los cuales se componen de pilares asentados por su peso y trabados lateralmente entre los que se levanta una pared de sillar. En el lado oeste había una escalera menor, señalando la puesta del sol. Desde lo alto de la Akapana pueden verse el Illimani al este y el lago Titicaca al oeste: como las dos grandes “huacas” o sitios sagrados que eran venerados por los Tiwanakutas. A su vez, la pirámide Akapana tenía el carácter de una montaña sagrada o “huaca”que prefiguraba las montañas como fuente del agua vital, ya que con los deshielos se conseguía el agua necesaria para las cosechas. El patio central, situado en la cúspide de la pirámide, estaba conectado a una serie de canales que desaguaban en las diferentes plataformas. Toda la superficie estaba cubierta con una grava verdosa que daba coloración a toda la pirámide. Al pie de la Akapana se han encontrado restos de sacrificios propiciatorios (algunos de ellos de seres humanos) hechos para la consagración del edificio.
El Kalasasaya es un edificio que tiene una plataforma y un patio interior al que se accede por una gran escalinata orientada a la salida del sol. El interior del patio estaba embaldosado y cuenta con 14 recámaras cuadrangulares dispuestas a los costados, que se supone fueron mausoleos de los señores de Tiwanaku. Al centro se halla el monolito Ponce de tres metros de altura. En la misma plataforma se encuentra el monolito denominado el Fraile, que es importante por mostrar cangrejos marinos en la cintura; lo que testifica las relaciones de Tiwanaku con la costa del Pacífico. La plataforma del Kalasasaya queda limitada en el lado este por un gran muro formado por once pilares monumentales.
Actualmente dentro del Kalasasaya está la Puerta del Sol, pieza monolítica que es la más representativa de la cultura Tiwanaku. Tiene un vano a manera de puerta. El reverso de la “Puerta del Sol” muestra dos nichos grandes a los costados, y nichos menores a la manera de friso en la parte alta, las jambas de la puerta son escalonadas. El anverso se decora con un friso que tiene una figura central con la cabeza radiada y cetros en las manos, sendas cabezas cortadas cuelgan de los codos. Treinta figuras antropomorfas aladas, dispuestas en tres filas, están a ambos lados del personaje principal; en la fila del medio las figuras tienen cabeza de cóndor. Las interpretaciones con referencia a la “Puerta del Sol” son varias sin que los estudiosos se hayan puesto de acuerdo acerca de su significado ni de la identidad del personaje central, sin embargo, la opinión más aceptada es que se trata del dios creador andino cuyo antiguo nombre es Tunupa. Tunupa era el dios de los fenómenos atmosféricos y geotectónicos y estaba relacionado con el fuego; en cierta manera sus características son similares a las del dios del rayo de los aimaras, llamado Illapa. Con el tiempo Tunupa fue sustituido por Viracocha, y supeditado a él. Viracocha era el nombre que los incas daban al dios creador.
Hacia el lado este del Kalasasaya está el edificio llamado Putuni que fue el palacio o residencia de los señores Tiwanakutas, después convertido en necrópolis. Consta de un patio central al que se accedía por una escalinata polícroma situada en el lado este. El patio estaba rodeado de habitaciones.
Junto al Putuni estuvo situado el “Palacio Multicolor”, nombre que recibe debido a las pinturas que cubren muros y pisos, todos ellos pintados con tierra, minerales: rojo-naranja de cinabrio, (mineral de mercurio), verde de malaquita y azul cobalto. Los diseños se han perdido, pero sí quedan parte de los pigmentos.
Algo más retirado está el Kerikala que también tiene un patio central rodeado de habitaciones, pero es de adobe y mucho más sencillo. También en este sector se encuentra la llamada Puerta de la Luna.
En el lado oeste está el conjunto de Kantataita donde hay un bloque tallado en piedra, con la apariencia de una maqueta arquitectónica similar, en su forma, al Kalasasaya.
Las excavaciones hechas por la Universidad de Chicago revelan la existencia de un gran foso que rodeaba todo este conjunto ceremonial separándolo del resto de la ciudad. Dicho foso servía para separar física y psicológicamente la ciudad del centro sagrado y permitía crear una isla artificial que recordaba de la Isla del Sol, donde, según la leyenda, Viracocha creo el Sol. El centro de Tiwanaku era el símbolo de la cosmogonía andina.