El gobierno de Gutiérrez Guerra vivió en la zozobra permanente.
Los conservadores eran católicos por tradición. Quizás el más importante de ellos fue Mariano Baptista que dio muestras muy claras de su catolicismo, antes y durante su presidencia. No se puede olvidar tampoco la egregia figura de Juan de Dios Bosque (1829-1890). La confrontación estado iglesia se presentó cuando subió al poder el liberalismo. Muchos eclesiásticos del país, tanto regulares como seculares confundieron liberalismo con socialismo y otro tanto sucedió con el propio concepto de democracia, que a muchos religiosos les sonaba a anarquía.
Un tercer factor fue la masonería, que si bien había existido en forma privada desde los albores de la independencia, se convirtió en un importante factor de poder hacia el último tercio del siglo XIX, a través de la actividad de las logias en las ciudades principales del país. Esto marcó una línea de división con la iglesia, sobre todo en sus cuadros militantes. La actitud belicosa entre ambas partes se inició en 1899, cuando el liberalismo subió al poder y planteó medidas que a la iglesia le parecían inaceptables, como la educación laica, la escuela normal de maestros, donde se proscribió la educación religiosa, la llegada de la misión belga, totalmente exenta de elementos de fe religiosa; la laicización de los cementerios; el matrimonio civil; el sentido de libertad de conciencia y de culto; la situación de los eclesiásticos antes respetados por su fuero y su pase al estado como ciudadanos ordinarios, creó una especie de catástrofe a nivel clerical. Por eso la jerarquía eclesiástica luchó sin cuartel contra el "Laicismo" y esta posición adoptó criterios de un radicalismo militante de la “Obra de Dios” frente a la del “diablo" autor de la "modernidad" a la que había que resistir. La polémica pasó al periodismo y aparecieron diarios católicos, que se pueden calcular en cerca de veinte, en distintos sitios del país, tanto en las capitales como en provincias (1860-1920). De entre ellos sobresale "El Cruzado ' (1867-1873) que estuvo a cargo de los recoletos Murga y Esquiú. Con alguno que otro sentido maniqueo, sostuvieron a la grey cristiana militante de la época. Papel semejante jugó Martín Castro, sacerdote polemista e iluminado que tuvo dificultades con el arzobispo Puch que lo suspendió "A divinis". En 1895 publicó La Civilización del Indio.
El último tercio del siglo XIX y el primero del siglo XX fue prolífico en la llegada de órdenes religiosas en cantidad y su asentamiento en varias ciudades del pan. Las hijas de Santa Ana se establecieron en Sucre y luego en La Paz (1879), dedicadas a hospitales y educación. Los jesuitas (1882) regresaron al país después de 110 años, las monjas de los Sagrados Corazones, dedicadas a la educación (1883); las monjas del Buen Pastor (1891); los Salesianos (Don Bosco 1896), escuela de artes y oficios; los Redentoristas (1910), Mercedarios (ll)12) Ministerio eclesiástico. Los Hermanos de La Salle (1914), enseñanza de niños. Este refuerzo de clero y monjas significó un nuevo aporte militante del catolicismo, que fue paralelo al sentir de la sociedad liberal, que poco a poco fue mitigando sus arrebatos de "comecuras" hacia los años 1910-20.
Paralelamente funcionó con muy buen resultado la acción misional de grupo "Propaganda Fide" en el sur del país, íntegramente dedicado a las misiones en los departamentos de Tarija, Sucre y Santa Cruz. Las antiguas misiones de Mojos y Chiquitos fueron dirigidas por clero secular en fines del siglo XVIII y parte del XIX, pero fue paulatinamente suplida por los franciscanos y recoletos, que lograron una estructuración muy valiosa en las zonas ya mencionadas del sur y el oriente.