El gobierno de Gutiérrez Guerra vivió en la zozobra permanente.
Si bien la junta federal se había constituido en diciembre de 1898, su verdadero ejercicio del gobierno comenzó con la caída de Alonso en la batalla del segundo crucero el 10 de abril de 1899.
Por algunos meses (abril-octubre), Oruro fue la capital del país desde donde despachó la junta federal, que estaba dividida sobre la cuestión de la capital. Pinilla y Reyes Ortiz pretendieron aprobar una disposición designando a La Paz como capital de Bolivia (14 de abril, mediante un decreto); Pando no lo aceptó e impuso su punto de vista. Sin embargo, con el ascenso liberal, La Paz se convertiría en sede del gobierno de facto. Después de la convención reunida en Oruro y tras la elección de Pando como Presidente, los sucesivo gobiernos y el parlamento radicaron en la ciudad del Illimani, aunque se respetó el reconocimiento legal de Sucre como capital del país.
La junta convocó a elecciones para conformar la convención nacional. Celebrados en agosto, los comicios dejaron como resultado un abrumador triunfo liberal. El 20 de octubre la convención nacional se reunió en Oruro. Los dos temas centrales de sus sesiones fueron la elección de Presidente y el asunto crucial de la federalización del país. La elección de Presidente no ofreció problemas. El 25 de octubre de 1899 fue posesionado el coronel José Manuel Pando como Presidente constitucional, elegido por 54 de los 57 convencionales. Lo acompañaron Lucio Pérez Velasco (40 votos) como primer vicepresidente y Aníbal Capriles (39 votos) como segundo.
La convención, tras fuerte debate, adoptó la constitución de 1880, lo que de hecho era una aceptación implícita de unitarismo reconocido en esa carta magna. En esos días Ismael Montes se había pronunciado en la prensa en contra del federalismo, criterio que irónicamente también sustentaba el Presidente Pando que había combatido en la guerra civil a nombre del federalismo, pero que ya en marzo en plena campaña había expresado “el federalismo es solo un medio de regeneración política...el federalismo o el unitarismo dependerán de una convención nacional”. El debate fue arduo. Federico Diez de Medina, Eufronio Viscarra y Abel Iturralde defendieron la idea federal. Eliodoro Villazón, Juan Misael Saracho y Domingo L. Ramírez (llamado “pico de oro” por su inflamado verbo) defendieron el unitarismo. La idea unitaria se apoyaba en las precarias condiciones de infraestructura y escasa comunicación del país, la falta de presupuesto para un sistema federal y una necesidad de control férreo del gobierno sobre un territorio cuya precariedad se vivió y se viviría de manera dramática en esos años. Ante la imposibilidad de un acuerdo, el federalista Miguel Velasco pidió la postergación de la votación sobre tema tan crucial para la siguiente legislatura. Con el voto dirimidor de Pérez Velasco, la convención decidió la postergación. El tema nunca más volvió a tratarse en el congreso boliviano. Bolivia continuó como una nación unitaria.