El gobierno de Gutiérrez Guerra vivió en la zozobra permanente.
Cuando Bolivia nació a la vida independiente, el litoral era uno de los seis partidos de Potosí. El 29 de Enero de 1825 el Mariscal Sucre clarificó la división política de Bolivia. Las intendencias o presidencias fueron convertidas en departamentos. Bolivia quedó dividida en cinco departamentos: Chuquisaca, La Paz, Cochabamba, Santa Cruz y Potosí. Los departamentos fueron divididos en provincias y estas en cantones. Atacama fue una de las provincias dependientes de la prefectura de Potosí, su capital era San Pedro de Atacama.
El 1º de Julio de 1829 el Mariscal Andrés de Santa Cruz mediante decreto transformó Atacama en una provincia independiente con un gobernador que respondía directamente al Presidente y con la nueva denominación de provincia Litoral, una jerarquía intermedia superior a una provincia común, pero inferior a un departamento. En 1839 el Presidente José Miguel de Velasco elevó el rango del Litoral a distrito con un prefecto.
Finalmente, el I2 de Enero de 1867 el gobierno de Mariano Melgarejo creó el departamento del Litoral. Sobre la base de las provincias que desde siempre tuvo el Litoral con el denominativo genérico de Mejillones (probablemente por ser el punto de mayor riqueza económica de ese territorio) que dio lugar al departamento Litoral.
Políticamente el Litoral se dividía en dos provincias, La Mar capital Cobija, que era además capital de todo el distrito y Atacama capital San Pedro de Atacama. Los cantones eran San Pedro de Atacama, Chiu Chiu, Calama, Rosario, Susquez, Conche y Antofagasta (no la actual ciudad portuaria que recién nació en 1867). La decadencia económica de Cobija sumada a los movimientos telúricos que la afectaron, determinó en los hechos (sin mediar documento oficial conocido que así lo establecerá) que desde 1875 la capital del departamento fuera Antofagasta. Allí residía el prefecto.
La población del Litoral tenía al nacer la república alrededor de 3.700 habitantes. En 1855, 5.500 habitantes y en el momento de la guerra alrededor de 15.000 almas. El hecho más dramático es que la gran mayoría de esa población era de origen chileno, lo que determinó una casi nula resistencia civil al despojo de 1879. Las principales poblaciones eran Calama, San Pedro de Atacama y Caracoles dentro del territorio y Cobija, Tocopilla, Mejillones, Antofagasta (el punto más importante de población con 6.000 habitantes) y Taltal.